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添付ノートゥング・モデル 
小楯保によって欠番機（マークアイン・マークツヴァイ・マークフィアー・マークゼクス）以外の機体が全て修復されている。
これらの他に、羽佐間容子によって13番目の機体「ドライツェン」が設計段階から練り直して新たに開発された。
パイロットの負担は以前よりも軽減されており、搭乗時に瞳が赤くなる事もなく、ワームスフィアーへの耐性も以前と比べて向上され、直撃を受けても大きな損傷を負う事は少なくなった。
無印と異なり、新たに迷彩塗装が施された代わりに、左側スタビライザーおよび左膝のナンバリングが廃止されている。
マークドライ
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ノートゥング・モデル3番機。
蒼穹作戦以降、カノン・メンフィスがパイロットとして配置されていたが、要咲良がパイロットに復帰した事で、再び彼女の搭乗機となった。
無印では機体特性を活かした近距離戦法を得意としていたが、本作ではリンドブルムを装備した空戦特化型機体として活躍する。
マークフュンフ
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ノートゥング・モデル5番機。
無印では小楯衛が操縦していた機体で、本作では堂馬広登が乗り込む。
大型シールド「イージス」を装備した防御特化型機体。
マークジーベン
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ノートゥング・モデル7番機。パイロットは遠見真矢。
軽量の飛行ユニットと、汎用タイプより強化されたリフトエンジンを持った空戦特化型で、真矢の射撃特性を活かし、レールガンによる上空からの飛行狙撃を得意とする。
マークアハト
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ノートゥング・モデル8番機。パイロットは近藤剣司。
中距離支援型の機体で、パワー重視の強力な重火器を装備している。
主武装はメドゥーサ。
マークノイン
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ノートゥング・モデル9番機。マークアハトの同型機。パイロットは西尾里奈。
フェストゥムの身体組成を崩壊させる気化燃料を放出する「サラマンダー」を装備している。
これは、拡散度と射程の調整が自由に行える武装で、里奈に火器ばら撒き型の傾向が見られた事から開発された。
マークツェン
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ノートゥング・モデル10番機。パイロットは西尾暉。
マークノイン同様、マークアハトの同型機だが、こちらはドラゴントゥースを使用した狙撃支援を得意とする。
マークツヴォルフ
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ノートゥング・モデル12番機。パイロットは立上芹。マークドライの同型機。
意識変性の影響で頭突き攻撃を好む芹の特性に合わせて「ショットガン・ホーン」という頭部保護と攻撃性能上昇に優れた装備が開発された。
マークドライツェン
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羽佐間容子によって新たに開発された、ノートゥング・モデル13番機。パイロットは羽佐間カノン。
従来機に比べて装甲や大型スラスターが追加された事により、機動力に優れ、低空飛行も可能。
カノンのかつての搭乗機・ベイバロンを彷彿とさせる赤い機体カラーが特徴。
マークフィアー
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ノートゥング・モデル4番機。
無印第9話にて海中に沈み、後にミツヒロ達にサルベージされ、コアを取り出された。
アルヴィスでは欠番機となっていたが……。
ザルヴァートル・モデル
マークザイン
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真壁一騎の搭乗機。同化機能を持つ特殊な機体で、ノートゥング・モデルを凌ぐ性能を有する。
特性上、一騎のみしか扱えないワンオフ機。
マークニヒト
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マークザインの同型機。
ミツヒロ・バートランドによりヘヴンズ・ドア作戦の切り札として開発されるも、無印終盤でフェストゥム・イドゥンに同化され、激闘の末にマークザインに同化された。本作ではデザインが大幅に変更されている。
エーギル・モデル
ゼロファフナー
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ジークフリード・システム一体型ファフナー。複座型。
「フェストゥム（ミール）のコアを組み込んだ最初期の機体」で、西尾行美によって開発された。
システム一体型に加え、動力炉も大型であるため、体高は100メートルと非常に巨大。
パイロットはノートゥング・モデルのように肩やふくらはぎに接続機器はつかず、背部にケーブルを接続する。かつて西尾姉弟の両親がテストパイロットとして搭乗したが、コアの制御に失敗し暴走、空間消失を起こし死亡している。
無印では、水中展望室のシーンで、機体の一部分がうっすらとではあるが確認できる。
主武装は、振動共鳴波やレーザーパレットなど、いずれも機体と一体化しており、ティターン・モデル同様、サイレーンド装備も施されている。
