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添付魔術協会三大部門の一角。
魔術師の自衛・管理を目的とするが根本的には互助ではなく相互監視組織である。
大英博物館の地下に作られたダンジョンという描写とロンドン郊外に存在する巨大な学園都市という記述が混在する。
全部で十三の学部が存在し、としあきの聖杯戦争に登場したマスターたちにも時計塔の出身者は多い。
なお、ここに所属する魔術師には階位が与えられる。
最高位である冠位(王冠とも書かれる)は協会の歴史でも数少なく、そのため色位が事実上の最高位。
それに次ぐ典位でも一般魔術師には雲の上の存在とされている。
また、個人と家系に贈られる階位は別となっている。
| 階位名 | 読み | 補足 |
| 冠位 | グランド | 幻の称号とされている。 |
| 蒼崎橙子、ダーニック（Apo世界） | ||
| 色位 | ブランド | 実質的な最高位。大半の君主（ロード）がこれに位置する。 |
| ケイネス、ダーニック（本来） | ||
| 典位 | プライド | エルメロイ二世によって輩出された弟子は全員が10年以内に到達している。 |
| スヴィン | ||
| 祭位 | フェス | 名誉階級のようなもの。能力ではなく特殊な技能・実績によって与えられる。 |
| エルメロイⅡ世、メルヴィン、バゼット、フラウロス | ||
| 開位 | コーズ | ぐだ子はここ。 |
| 藤丸立香 | ||
| 長子 | カウント | |
| 末子 | フレーム | |
各学部には派閥が存在している。
・貴族主義派：主流派。血統を重視している。
三大貴族バルトメロイ、ガイウスリンク、アニムスフィア、エルメロイ、ユリフィスなど。
・民主主義派：血統で劣ろうと才能を重視する。
三大貴族トランベリオ、三大貴族バリュエレータ、エーデルフェルトなど。
・中立派：派閥争い自体に興味を持たず研究を重視する。
筆頭にメルアステア、ソロネア、ブリシサン、ジグマリエなど。ただし派閥として纏まりは弱い。
以下に出身者と所属学部を纏める。
第一学部 全体基礎科(ミスティール) 
派閥：民主主義派
学部長：ロード・トランベリオ*1
時計塔に所属する魔術師がまず学ぶ学科とされる。
たいていの魔術師は全体基礎を五年ほど学び、その後に各自の家が受け継いできた魔術特性に沿う学部へと進み、その補佐、発展のためのサブとして他の学部にも籍を置くのが常道である。
必ず1つの学部に所属しなければならないという決まりはなく、優秀な者ほど掛け持ちや転属を繰り返すのが常となっている。
この学部が時計塔の地下本部を拠点とし、他の11学部は倫敦郊外の各学園都市を拠点としている。
第二学部 個体基礎科(ソロネア)
派閥：中立派
学部長：不明
第三学部 降霊科(ユリフィス)
派閥：貴族主義派
学部長：ソフィアリ家（Zero）→ロード・ユリフィス*2→ロッコ・ベルフェバン（ロード代理）
（Apo世界）学部長：ロッコ・ベルフェバン
マコト・ビン・ヴァファー(典位)
クロード・R・グリンバレー
召喚科
降霊科の下位組織。
ただしApo世界ではサーヴァントに関連する召喚技術を全て集約した学科として重要視されている。
第四学部 鉱石科(キシュア)
派閥：貴族主義派→中立派
学部長：ロード・エルメロイ*3→ロード・メルアステア
第五学部 動物科(キメラ)
派閥：不明
学部長：不明
メイ・ベント・エル＝アトラスィー（末子）
ダミアン・ファン・メーレンベルフ
ウルリク・ベスティアユンク・アミソダロス(典位)ただし現在は逃亡の身
第六学部 伝承科(ブリシサン)
派閥：中立派
学部長：不明
時計塔設立時から最も”生徒の少ない”科目で、この世ならざる遺物を扱う学長直属の異端学問。
シルヴァ・レインワークス
星見 静
ユーナ・パトリック・フィッツサイモン（開位）
ヘス・アウローラ・ヴィオーラ（長子）
緑谷加稲（予定）
第七学部 植物科(ユミナ)
派閥：不明
学部長：ロード・アーシェロット
アペルティオ・フローリス
シーシェル・サイケ・ラジアンス（開位・行方不明）
第八学部 天体科(アニムスフィア)
派閥：貴族主義派
学部長：ロード・アニムスフィア*4→オルガマリー・アニムスフィア（FGO）
ラーヴァ・ローラン
沢本隆二（沢本零の義伯父。マリスビリー・アニムスフィアの自殺後離脱）
第九学部 創造科(バリュエ)
派閥：民主主義派
学部長：ロード・バリュエレータ*5
伊形真紅郎(無限埋葬機関アーネンエルベ後より)
伊形赤祢(第四次双葉聖杯戦争後、現代魔術科へ移籍)
トイストイ・バリュエレータ
アーデルハイト・フォン・メンデルスゾーン
桐畑翔人
第十学部 呪詛科(ジグマリエ)
派閥：中立派
学部長：不明
第十一学部 考古学科(アステア)
派閥：中立派
学部長：ロード・メルアステア
ロクスロートカレッジと呼ばれる区画を拠点とする学部。十二の学部の中でも立場は最も弱い。
第十二学部 現代魔術科(ノーリッジ)
派閥：貴族主義派（立場上）
学部長：ドクター・ハートレス→ロード・エルメロイⅡ世
ロードがしばらく不在だった学科。
ここ百年ほどで興った魔術を研究し、広く浅く、より一般的な“使いやすい”魔術とすることを目的とした学部。新世代（ニューエイジ）たちのフィールド。
二十世紀初頭に創設されてからは「時計塔には五世代を重ねた家系にしか開かれない*6」という暗黙の了解が破られ、野にくすぶっていた多くの新興魔術師が時計塔に流入することになり、衰退の途にあった魔術師社会にも往年の賑わいが戻って来た。
真楽遣児(第二次双葉聖杯戦争後より。後に典位)
ハンス・バーネット(第四次双葉聖杯戦争後より)
伊形赤祢(第四次双葉聖杯戦争後より)
パール・Ｄ・ライトウィズダム
アダン・ガリアーノ
遠江初花（ReAct後。ほぼ幽霊学生）
フリーヤ・アルバァ・アクサー
イグニア・マグナクトゥス
第十三学部 法政科
派閥：貴族主義派
学部長：ロード・バルトメロイ*7
「十二科」には含めず、協会を監視し、神秘を追い求める魔術師たちと異なり神秘を管理統制する側の粗織。
多くのロードの家系は自らの子供を法政科に送り込み、法政科もその子供たちに惜しみなく帝王学を授ける。そのため、相手が法政科に所属する魔術師であるならたとえ十二家や三大貴族に連なる者でなくとも誰もが緊張を余儀なくされる。
「神秘を隠匿すべし」という時計塔の第一原則を重視することから「第一原則執行局」の別名を持つ。
ルアン・カーライル
ルナー・エルクロス
メシュメシュ・ミサー・バハル
秘儀裁示局・天文台カリオン
封印指定を発令する時計塔最古の教室。
その他、もしくは不明
Ｒ・Ｒ(封印指定執行者)
ライトニング・ブレット（時計塔・アトラス院に出入りしているらしいが…？）
御門麻尋（外部の依頼先の一つ、雑用事務所）
真樹・Ａ・ライトウィズダム（詳細不明。かつては妹のパールと共に時計塔に出入りしていたらしいが…）
