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添付←前：大図書館へ
メインミッション 
セガサターン時代・始まり
歴史影響度：★★★
落ちてくるネプテューヌ
バーチャフォレスト
EVENTシンボル接触でイベント
ミッション達成
ネプテューヌとセガサターンのケンカ
歴史影響度：★★
聞き取り調査開始
金斧峡
EVENTシンボル接触でイベント
ミッション達成
セガミとセガサターン1
歴史影響度：★★
アセル鍾乳窟
EVENTシンボル接触でイベント
ミッション達成
セガミとセガサターン2
歴史影響度：★★
ミッション「スライヌ退治」、「優雅な午後」報告後発生
バーチャフォレスト
EVENTシンボル接触でイベント
ミッション達成
セガミ変身
歴史影響度：★★★★
ラストブロックス
EVENTシンボル接触でイベント
ミッション達成
セガミが「サターン化」を習得
決闘の噂
歴史影響度：★★★
ミッション「危険な飛行物」報告後発生
セガサターン時代
みんつぶ：？ からイベント
ミッション達成
大図書館に戻るとクラスチェンジ可能に
ミッションを報告するとアイエフのクラス「義賊」を入手
決闘開始
歴史影響度：★★★
バーチャフォレスト
EVENTシンボル接触でイベント
戦闘開始
歴史の消失
ミッション達成
「ネプテューヌのデータ」、「セガサターンのデータ」を入手
ミッションを報告するとセガミのクラス「生命の奏者」を入手
セガサターン時代・リベンジ
歴史影響度：★★★
リピート1回目以降発生
大図書館
タイムリープ（セガサターン時代）を選択でイベント
決闘を止める
どちらに味方するかで微妙に展開が変わる
セガサターンに味方する
「セガサターンに味方する」を選択で分岐
BOSS：パープルハート
攻略推奨LV：
セガサターンに味方して勝利
ネプテューヌに味方する
「ネプテューヌに味方する」を選択で分岐
BOSS：セガサターン
攻略推奨LV：
ネプテューヌに味方して勝利
変わらない歴史
大図書館
戻るとイベント
ミッション達成
ネプテューヌ、サターン本人が加入
ネプテューヌがクラス「孤高の戦士」を入手
セガサターンがクラス「ソーサラー」を入手
もう一度やり直し
歴史影響度：★★★★★
「これからは歴史を変えていく」を発生させ、リピート後で発生
バーチャフォレスト
EVENTシンボル接触でイベント
憑りついたもの
BOSS：セガサターン
攻略推奨LV：
セガサターン時代・トゥルーエンド
ミッション達成
ネプテューヌが「ネプテューヌ」シリーズを入手
大図書館へ
サブミッション
| ミッション名 | 条件 | 報酬 | 歴史影響度 | 備考 |
| スライヌ退治 | スライヌ4体 | ★ | ||
| 優雅な午後 | ハーブ2個 | 原画チック眉毛 | ★ | |
| 危険な飛行物 | ビット4体 | ★ | ||
| ホクホクが命 | 灼熱鉱石3個 | ★ | ||
| 舐められっぱなしは嫌だから | ヤンキーキャット4体 | ★ | ||
| 誰が何と言っても資料です | ヌメヌメの蔓4個 | ★ | ||
| マカラコス・トロー遺跡の謎を追え | ニンジンダー5体 | ★★★ | み:アイエフ(大図書館) (マカラスコ・トロー遺跡を探検！報告後) 受けるとセガサターン時代にマカラコス・トロー遺跡出現 | |
| 薬代が払えなくて・夏 | ヒールポッド2個 | ハーブ | ★★★ | み:ベテランハンター(薬代が払えなくて・春報告後) |
| 壊れたロボット2 | データクリスタル3個 | ★★★ | み:P-2(壊れたロボット1報告後) | |
| 壊れたロボット3 | 立派なアンテナ3個 データクリスタル3個 | ★★★ | み:P-2(壊れたロボット2報告後) | |
| プリンが白い！！ | ダイコンダー4体 | ショップにミルクプリン追加 | ★★★★ | ミ:至高の食べ物報告後 |
| プリンを超えたプリン！？ | 魔導ゼリー3個 妙に弾力性のある塊3個 | ショップにプリンアラモード追加 | ★★★★★ | ミ:プリンが白い！！報告後 |
| クラスレベルキャップ解放／ネプテューヌ | 鳳凰の羽1個 イエローブロック3個 ヤンキーマスク3個 | クラスレベル上限を50に | ★ | み:ネプテューヌ(ネプテューヌ(本人)加入後、戦士と孤高の戦士のLV20) |
| クラスレベルキャップ解放／セガサターン | かめのこうら1個 イエローブロック3個 ヤンキーマスク3個 | クラスレベル上限を50に | ★ | み:セガサターン(セガサターン(本人)加入後、魔法使いとソーサラーのLV20) |
| コモンスキル枠追加／ネプテューヌ | ヌメヌメの蔓3個 ダンボール3個 | コモンスキル枠１つ追加 | ★ | み:ネプテューヌ (ネプテューヌ(本人)加入後) |
| コモンスキル枠追加／セガサターン | ヌメヌメの蔓3個 違法粗悪回路3個 | コモンスキル枠１つ追加 | ★ | み:セガサターン (セガサターン(本人)加入後) |
| コモンスキル枠追加／ネプテューヌ | 融解したディスク3個 鳥の銅冠3個 | コモンスキル枠１つ追加 | ★ | み:ネプテューヌ (アイエフとのリリィ4以上) |
| コモンスキル枠追加／セガサターン | うごめくゲル物質3個 アエルーの爪3個 | コモンスキル枠１つ追加 | ★ | み:セガサターン (セガミとのリリィ4以上) |
| クラス取得／ネプテューヌ | ゴッドソウル1個 血まみれのブーメラン3個 | クラス「カンガルー」取得 | ★ | み:ネプテューヌ (アイエフとのリリィ5+動物図鑑) |
| クラス取得／セガサターン | ゴッドソウル1個 溶岩石3個 | クラス「白の賢者」取得 | ★ | み:セガサターン (セガミとのリリィ5+シロバコ) |
| ネプVSセハガール ネプテューヌ編 | 融解したディスク1個 | ネプビタンEXⅡ | ★ | ミ:ネプVSセハガール アイエフ編またはセガミ編報告後(2周目以降) 片方しか選べないが、リピートすれば選ばなかった側も選択可能 完結編報告後選択した方のみんつぶが登場 |
| ネプVSセハガール セガサターン編 | 融解したディスク1個 | ネプビタンEXⅡ | ★ | |
| 最強装備を求めて／ネプテュ－ヌ | フローズンクォーツドラゴン1体 | Fカートリッジ モンキーブレスレット | ★ | み:ネプテューヌ (ネプVSセハガール 完結編報告後) |
| 最強装備を求めて／セガサターン | シルバーグレイコング1体 | シルバースフィア 土星四郎の加護 | ★ | み:セガサターン (ネプVSセハガール完結編報告後) |
