「忍者スレイヤー」

• 藤木戸ケンジ/忍者スレイヤー
  「俺のカラテで、ヨロシクしてやるぜ！」
  • 登古揣摩市に住む古文知識にやたら詳しい男子高校生。俳句部所属。両親は既に死去し、兄も行方不明となっている。正義感が強いが無茶も多く、売られたケンカは買う主義。
  • ひょんなことから謎の巻物「マキモジュール」を手に入れて奈落忍者の導きの元、「忍者スレイヤー」として戦うこととなる。
  • マキモジュールをタスキがけに肩に巻き付けることで変身。力石（ちからいし）を3つはめ込むことでフォームチェンジし、状況に合わせて戦うことが出来る。

• 瀬戸内小梅
  「もう、普段ケンカばかりしてるくせに！」
  • ケンジの同級生で3歳の時からの幼馴染。元ネタの存在しない、今作完全オリジナルの新規キャラクター。
  • 実家は道場でPC操作も得意な女子高生。
  • 世話焼きであり、ケンジも彼女には頭が上がらない。さらにはケンジ曰く「成績も凄い優秀で東大がA判定だし歴史も詳しい」という、とてつもない才媛である。

• 奈落忍者
  『重畳！変身せよ！』
  • ケンジが手に入れたマキモジュールから発する声の主。本人によればこの巻物は遺跡から発掘された後たらい回しにされ、ケンジの学校に放置されたらしい。
  • 口調や言い回しは本編のナラクとほとんど同じだが、一人称は「俺様」。また本編よりも親切。

ノストラダムス禅機関

風魔忍者による日本侵略の対策を進めてきた日本政府の公的機関。

• 片倉フジオ/忍者ブリンガー
  「推して参りなん」
  • ノストラダムス禅機関のエージェント。ケンジらの高校に転校してくる。
  • マキモジュール伝説を元に再現された戦士プロトタイプ「忍者ブリンガー」に変身する。
  • HMD（ハチマウントディスプレイ）と呼ばれるヘルムをセットアップすることで変身。フルフェイスヘルムのゴーグルに鈍色の忍者装束。額に鈍色の力石を装着している。
  • こめかみ部を操作することにより、武器をモードチェンジをすることが出来る。

• 長官/忍者ドミネイター
  「おのれ風魔……だが対決の時が早まっただけの事」
  • ノストラダムス禅機関長官。
  • 試作型HMDにより「忍者ドミネイター」に変身する。ただし試作型故に活動限界は5分程度。
  • 忍者ブリンガーと同じくモードチェンジを行える他、二つのモードを同時に起動する"モード重合"も行える。

• 忍ライザー
  • 機関が開発していたマキモジュールに同調する試作兵器。小梅がUNIXにより遠隔操作する。
  • VTOL浮上も可能なクロームの機体。3つの可動スラスターとバルカン砲を搭載している。
  • 変形することで忍者ブリンガーの大手裏剣と合体することも出来る。

その他

• 武田先輩
  「殺す！殺す！」
  • 他校の不良。身長は170ぐらいだったが風魔剛強丸に憑依され2メートル超になった。

• キメ松
  「私の指導を居眠りしていたというのか、君ィ！」
  • 生活指導教員。本名は松村で、いつも髪型と服装をキメているためキメ松とあだ名されている。

• 雄太
  「うるさいんだい！」
  • 慈茂戸市に住む小学五年生。思春期ゆえの反抗により家出した。風魔の依代に適するタイプ。

• 山田教授
  「藤木戸君の仮説は真実だったか……！」
  • 国立登古揣摩大学考古学部の教授。最近テレビ番組のオッファーが多い。ケンジの兄の恩師。

• 神金剛豊
  「帰れ。俺は誰にも刀は鍛えない」
  • 京都の刀鍛冶職人で機関の関係者。ちなみに神金剛が苗字。

• こども天狗
  「成る程、忍者スレイヤーの来訪か。それは予言されていた」
  • 京都の山に隠れ住む非現実的な美少年。風魔より遥かに古くから生きている超常的存在。

• 甲賀村雨丸
  「甲賀戦魔皇帝様ーッ！ご注意めされよーッ！」
  • 甲賀戦魔皇帝が率いる甲賀忍軍の忍者魔人。

風魔忍軍

日本の征服を目論む忍者組織。かつて服部忍者によって滅ぼされたが、四次元的な転生逃避路「天元風魔理之地（てんげんふうまことわりのち）」に逃れ、現世へ再侵略する手はずを整えていた。彼らの手にマキモジュールが渡るとこの世は終わりらしい。
風魔クラウド意識により情報を共有することが出来る他、風魔クラウド憑依により風魔の依代に適するタイプの人間に乗り移ることが出来る。
天元風魔業臨之儀のため、鍵となる風魔理三大鏡（ふうまことわりのさんたいかがみ）の欠片を集めている。

• 風魔老元大将軍
  「今こそ天魔業臨（てんまごうりん）の時、満ちたり！」
  • 天元風魔城（てんげんふうまじょう）を拠点とする風魔忍軍の首領。笑い声は「武覇覇覇覇覇！」。
    • 第一話ではなぜか（てんまじげんじょう）とルビが振られていたが、第二話では何事もなかったように修正された。
  • 二本の腕と六本の風魔機構複腕、計八本の腕に圧倒的な風魔忍者魂剣（ふうまにんじゃたましいのつるぎ）を構えた巨大な鎧兜姿で戦う。

• 風魔暗黒忍者
  「……風が」
  • 風魔忍軍最強の戦士。武器は風魔別嬪剣（ふうまべっぴんのつるぎ）。忍者スレイヤーが手も足も出せないほど強い。
  • 風魔忍者の力が3倍になる風魔殺風景の術や、相手に「死」の漢字を刻む風魔暗刃滅裂剣（ふうまあんじんめつれつのつるぎ）を用いる。フジオ要素三分割。

• 風魔自動剣道
  「「「スッゾコラ」」」
  • 風魔忍者が率いるいわゆる一般戦闘員。
  • 名前の元ネタはケンドー・オートマトンと思われるが、本編中での扱いはクローンヤクザのそれに近い。
  • 凧によって空を飛ぶ自動凧剣道なるバリエーションも存在する。

• 風魔忍者
  • 風魔大将軍が率いる恐るべき忍者モンスター。

• 藤木戸ケンジ/忍者スレイヤー
  「俺の拳でヨロシクしてやるぜ！」
  • 八百夜町高校に通う少年。連載版と違い部員一名の応援部部長。その風貌はバンカラめいているが正義感が強く、ダチが困っていると放っておけない性格である。
  • 喫茶「マクマホン」でバイトしているが、ナポリタンとコーヒーしか作れない。

• 瀬戸内小梅
  「……その時私は（※泣きながら駆け寄る小梅のモノローグ）……ケンジ君が無事だったこと……信吾君が死なずに済んだことを喜びながら……この日を境に、何もかもが……決して戻れないほどに変わってしまったのではないかと……不吉な予感を、必死で押し殺していたのです……」
  • 連載版と同じくケンジの同級生で、三歳からの幼馴染。ただし実家は喫茶「マクマホン」。

• ナンシー・リー
  「アーハ。かわいらしいカップルのお二人さん？」
  • 忍者に関する事件を追うジャーナリスト。
  • 彼女は原作とあんまり変わっていないようだ。

• 片倉フジオ
  （使わせたくなかった。本来お前のような前途ある若者が適合者となるなど……あってはならなかった……！）
  • 連載版と大きく設定が違い、黒コートの男に役割が近い。
  • 黒コートに身を包んだ、ナンシー曰く政府筋のエージェント。ケンジと巻物を付け狙っているようだが……？
  • 武器はベッピンではなく銃。
  • 元ネタはダークニンジャだが、本作にはもう一人ダークニンジャを元ネタとするキャラが存在する。恐らく2人は別人と思われるが……。

• 奈落
  「奈落モード……羅生門！忍者！殺すべし！」
  • ケンジの持つ巻物に宿った何らかの意志。
  • 変身・フォームチェンジの際は「羅生門！」というシャウトが入る。変身玩具「デラックス巻物モジュール」は奈落ボイスを完全再現しているぞ！

• 風魔大手裏剣衛門
  • 第一話に登場した忍者魔人。まさかの前作に引き続いての出演となった。
  • ケンジ曰く、忍者魔人に変身する前の見た目は普通のオッサンだったらしい。

• 柴田信吾/風魔迅速丸
  「クックック……信吾だと？柴田信吾などという男は既にこの世にいない。拙者の名は風魔迅速丸！風魔忍軍の忍者ソウルを得て生まれ変わった忍者魔人よーッ！」
  風　魔　迅　速　丸　！
  • 八百夜町高校サッカー部のエースだったが、インターハイ準決勝で敵チームの不正に激昂して乱闘騒ぎを起こして無期限停学になってからはずっと家に引きこもっていた。
  • 苗字からアガメムノンかと思われたが、彼の名はソウジロウなので違うかもしれない。信吾といえばシンゴ・アモだが、描写からするとやっぱり違うかもしれない。脚力が自慢のようなので、常人の三倍の脚力を持つバンディットも候補に挙がるが、三倍族は数が多いのでやっぱり違うかもしれない。

• 風魔大将軍／風魔暗黒忍者
  「懸念があるか。お主の勘は馬鹿にできぬゆえ」
  「……風が」
  • 風魔忍軍首領。風魔暗黒忍者とともに天元風魔城を根城としている。
  • 言わずもがなラオモト・カン、ダークニンジャの御両名であろう。
  • なお、2人とも1ツイートしか登場しないが、その時の会話はまさかのグラキラからの逆輸入となっている。

• 藤木戸ケンジ/忍者スレイヤー
  「着のみ着のままだぜ！」
  • 「忍者スレイヤー」の主人公。世界でも名の知られる冒険家になっており、この一年で発掘した財宝はこの若年をして年間2億ドル相当である。

• 瀬戸内小梅
  「そんな……ケンジ君！」
  • 「忍者スレイヤー」のヒロイン。現在は登古揣摩小学校で教育実習生をしている。

• キメ松
  「コラッおまえたち！瀬戸内先生と呼びなさい！」
  • 現在は登古揣摩小学校の教頭となっている。相変わらず服装がキマってる。

• タイムシフターケイン
  「どうした。ジェンシーナ。……通信途絶か」
  • 「タイムシフターケイン」の主人公であり、すさまじい力を持つタイムシフター（タイムシフト視聴を行う者）。

• ジェンシーナ
  『なんて事！』
  • 「タイムシフターケイン」のヒロインであり、ケインのナビゲーターを務める相棒。美しい女性だが声のみの登場である。

• 風魔織田丸
  「否、風魔織田丸とでも言おうか……つまり信長なみに強い」
  • 風魔忍軍の生き残りである風魔小一郎の彷徨える魂が、賢人会議の生き残りであるリメインオーダーと同化し受肉した忍者魔人。
  • 初めは風魔秩序丸、すなわち風魔オーダー（丸）を名乗っていたが、すぐさま風魔織田丸と名乗りなおした。信長なみに強いと自称する。

• アンタゴンオーダー/風魔安汰権左衛門
  「人類はタイムシフトで滅びるのだ！」
  • 風魔織田丸が生ぜしめた世界破滅特異点であり、天元風魔城の歪みを糧に生み出された破滅の種子。巨大な目にシフトテンタクルを持つ。

• シフト戦士
  • タイムシフトを行い、なおかつ啓発して世界すらも救う可能性を秘めた勇者。

• シフトシュトローム
  • タイムシフトのバランスが崩れた事による災禍。

• 巨大なタイムシフト流れ
  • ニンジャスレイヤーフロムアニメイシヨンのTV放映版一挙放送＋ギターサンダーボルト特番。

• シフト翼
  • タイムシフトのエネルギーを集めた翼。

• シフトストリーム
  • タイムシフトの光と可能性、心の流れ。

• シフト北極星
  • シフト時空の唯一動かない座標的なポイント。

• シフトテンタクル
  • タイムシフトで生じる力を反転させ極大破滅エネルギーとして具現化した、反物質に似たもの。