翻訳ガバガバなのに地味に話が難しいので相当しんどいです。覚悟を決めて読んでください。
自己解釈を多分に含んだあらすじを置いておきます。それでも結構長いですが…
序章｢起点｣
先祖より受け継ぐ家の屋根裏部屋から開かない「ロケット」を見つけた主人公。そのロケットには「同調の器」という文字ととある場所の座標が刻まれていた。
幼馴染で学者のエリンと共にその座標が示す町にやってくる。その町の中央には大きなタワーが建っていて周囲では一切の電子機器を使うことが出来ない。
エリン曰く、そのタワーは数百年前突如地下から現れたもので、衛星での観測はおろかカメラで写真を撮ることもできず、世界第九番目の不思議と呼ばれている。
主人公は刻まれていた座標をもとにタワーへ近づくと、ロケットが反応し、直後、地面が大きく揺れ始める。
気づくと知らない場所（タワーの中）にいた主人公はフレイアと名乗る女性に出会う。彼女と話す暇もなくいきなり正体不明の化け物に襲われるが、同調の器（ロケット）を駆使し、フレイアと協力して何とか撃退する。
そこでタイム神殿（タワーのこと）の執行者を名乗る謎の男ルキーのホログラムが映される。ルキーはフレイアを召喚し、音霊と同調のリンクを築いた主人公を次の執行者であると告げる。
周囲の時空の裂け目が増え、敵が近づいてくる中、神殿の最上階コントロールセンターを目指す。
道中、かつてルキーが残した工房を見つける。「RE-NATURE実行段階」「霊能開発についての研究報告」「議事時空における時空ビーコンの手配」「リンク投影機座標：紀元191X」など怪しげな研究の数々が見つかる。
コントロールセンターに着いた二人はコンソールを起動し、ルキーと再度会話する。
フレイアは先ほど見つけた研究からルキーが音霊を操る能力を持たない偽執行者だと見破り、何者か尋ねる。
語られたのは音の霊能、タイム神殿、疑似時空そして音霊についてだった。
この星には強大なエネルギーがあり、この星のすべての生物に「霊」を与えている。これは生命の神秘であり、この星の繁栄を支えている。
「霊」は肉眼では観測できないが、ごく稀にその声を聞き、流れを感じ、さらには操ることの出来る「音の霊能」を持つ者がいる。彼らは死んだあと星と一つになり、星の「記憶」になる。
「霊」の持つエネルギーは非常に強力で時間を超えたものである。それはつまりすべての可能性が「霊」、延いてはそれを操る「音の霊能」にある。
ただの可能性でしかない仮想世界を「疑似世界」と呼んだが、それは確かに他の時空に存在した。「音の霊能」を持つ執行者は、無数の疑似世界を繋ぐ通路であるタイム神殿を通して、疑似世界の星の「記憶」を呼び出し音霊として実体化し召喚することが出来る。よって、音霊は既に死んだ音の霊能を持つ者の記憶である。
ルキーの計算によると星は三千年ごとに「霊」が尽き、リセットされる。タワーの出現はそのカウントダウンの始まりである。
ルキーはタワーに入る方法を長年研究し、一般人は一度入ると出られないと知りながら中に入ることに成功する。その後も星のリセットの遅延、または停止を目的に研究を続け、執行者についていくつか解明した。
主人公は枯れていく「霊」を疑似世界から音霊として補給する「RE-NATURE計画」を進めていくことになる。
そこで敵が襲ってくる。不意を突かれたフレイアは負傷しながらも敵が未来人が「霊」を操って武器化した元一般人であることを突き止める。
ルキーが置いたビーコンをもとにワープゲートを使って二人は疑似空間になんとか逃げることに成功する。
たどり着いた先に待っていたのは、あたり一面が雪に覆われた極寒の地であった。
左から順に主人公（男）主人公（女）エリン ルキー