国/ヤゴス島

アルディアやアミーグがある大陸の南に位置する島。温暖で薄着でも過ごしやすい気候。
人が暮らす集落の他、封印の遺跡があり、遺跡の目前にはなぜか合成屋も建っている。
各地にある岩には人の顔のような模様がある*1。

• 民族衣装や飾られた仮面など、モチーフとしてはポリネシア諸島やイースター島など
  「南国の島国」のエッセンスを複数混ぜたものと思われる。

ユドの村

ヤゴス島編の拠点となる村。
人々は原始的な暮らしを営んでいるが、ヴィルマーが作った水道があり、研究所前には風力発電機も確認できる。
また所々には金属製と思われる、ドラム缶のようなものも置かれている。　　
　
やはりヴィルマー研究所の存在が最大の特徴で、各ギルド仕事などでは最終盤まで彼の手を借りることになるほか、
ヂークベックによる経験値分配機もあり、本編を通してお世話になる。
　
ヴィルマーの孫娘のリアや、彼女に恋する少年、風呂を自慢する男性、ドッグフードをくれる女性、
それに武器の種類や熟練度について教えてくれる露天商など、住人の個性はトップクラス。
　
ヤゴス島編のラストではヴィルマー研究所地下でニンジャ＆コボルトとの戦闘がある。
　

合成屋

複数のアイテムを消費し、新たなアイテムに作り替えてくれる施設。
世界でここにしかなく、内装もヤゴス島らしく木造部分が多く見られる。
立地も含め、冷静に考えると色々と気になる点が多いが、気にするのは野暮というものだろう。
内装はブラキアの鍛冶屋とほぼ同じ。こちらには鍋をぐるぐるする人がいる。
利用にゴッズを取られないのは助かるが、不思議でもある。商売ではないのだろうか？
　

封印の遺跡

機神ヂークベックの力を封じるため、力の源たるパワーユニットを封印した遺跡の一つ。
本作で初登場のダンジョンである。
入口前にはモンスターが出ないか見張っている人がおり、｢せ～ぶ｣ の言い伝えやダンジョンの基本を聞ける。
　
各地に点在するが、シナリオで必ず攻略するのはここのみ。
最初は不用意に遺跡に入ってしまったリアを探しに、
二回目は飛行船修理の見返りとしてヂークベックを掘り出しに、ここに潜ることになる。
　
他の遺跡との最大の違いとしては、ここにはヂークベック本体も封印されている点だろう。
それゆえか、パワーユニット前にはここだけの守護者もいる。
　　
攻略後にはFBAとして利用可能。
出現モンスターはジャイアントバット、マミィ、ヴァンパイアバット、スケルトン、ガーゴイル。
マミィ系は最終的にここでしか捕獲できず、ガーゴイルは序盤の戦力として優秀。
　
フロアアイテムは上層がニュートリノ、下層が地の剣。またダンジョンなので多数の宝箱がある。
１階にあるディフェンダーは簡単に手に入る割には優秀な武器だが、
実はこの宝箱には、調べると敵と戦闘になる没イベントがある。元々は罠がある予定だったのだ。
地下６階の、宝箱の目の前に石像が置かれている場所は、石像を調べて目線をそらさないと ｢宝の番人｣ に襲われてしまう。
テレポートがないと取れない宝箱からはピロムやクラウンアックスが手に入る。
　

仮設空港

飛行船発着に使われる場所。
外観は一度きりしか見れないが、開けた砂地に木造の小屋と櫓のようなものがある。
小屋の上には何かのタンクもあるし、このために急造したわけではないのかも。
　

潜水艦（海底神殿）

海底神殿への移動手段。元々は海底油田脱出の際にぶんどった物。
脱出の衝撃で壊れていたが、ギルド仕事・海竜の卵返却のために潜水艦が必要となり、ヴィルマーが修理して使えるようにしてくれる。
ソナーのほか魚雷やおとり弾も搭載され、他の潜水艦との戦闘も可能。
　
海底神殿は ｢意思を持つ門｣ によって各所の門が制御されており、一行の目的と関係ない場所へは行けない。
卵返却地点までにはキメラ研究所の残党が待ち受け、選択肢や戦闘が発生する。詳しくはギルド仕事の項を参照。
　　
仕事をこなした後は別の入口から入る事ができ、そちらでは最深部に最強のパワーユニット・Ｐリバースが安置されており、
最強の機神・ジャッジメントの試練を乗り越えることで入手できる。
　
Pリバースを入手後は、ここでできることはない。
門が降りて通れない場所の先には興味深い没エリアが多数存在しており、FBAにも使える予定だったようだ。
　

ジンバラの風穴

ギルド仕事・モンスターを殺してくださいの進行中のみ入れる場所。
洞窟の一室のような場所で、文字通りジンバラがおり、退魔ポーションの材料になるこいつを倒すために訪れることになる。
ジンバラとの戦闘中に逃亡すると、いきなりスメリアに飛ばされ出国不可能な詰みデータとなる、危険なバグがある。(通常版のみ)
フロアアイテムはグランドロッド。この激レア武器を狙うのに適した場所ではあるが、実用性はない。