ストーリー

共通点

・どの高校で始めても、最初の相手はグレード3てんこ盛りの森川。その次の相手は、カードキャピタルお試しデッキを必ず使う。
・この2人以降は守護者入りデッキになる。また、森川が再度出てくることもあるが、この場合はグレード3ばかりのデッキではなく、守護者も入った普通のスパイクブラザーズあるいはアニメ版かげろう(ドーントレス軸)を使う。なお、実はVF甲子園(宮地ルート)ではあのグレード3デッキで、小茂井に勝っている。
・ミッションファイト上級については、ＶＦ甲子園に出場出来る頃でないと挑めない。
　なお、解かずに全クリしてから高校を選び直した場合、もう一度ＶＦ甲子園一回戦に挑めるようになってないといけない。
・すべてのフリーイベントを消化してからタクト（リバース）に勝つと、その高校にちなんだキャラが登場する延長戦がある。
・全ての高校をクリアしてエンディングの後に続きからすると、特別なファイトが出来る。

宮地学園

ストーリーで倒す順番

森川→シンゴ→アサカ→スイコ・岸田→光定→カムイ→レッカ→ミサキ→光定→ナオキ(Я)→マキ(Я)→ナオキ・エル→ジリアン(Я)→三和(Я)→キョウ→レオン→レン→コーリン(Я)→櫂(Я)→タクト(Я)→ナオキ・シンゴ・ミサキ・コーリン・タクト→アイチ
※タクト(Я) 以降は、フリーイベント全部クリアで発生

後江高校

ストーリーで倒す順番

森川→三和→コーリン→アイチ・岸田→クリス→スイコ→カムイ→三和→櫂→クリス(Я)→カムイ(Я)→三和・ユリ→シャーリーン(Я)→アサカ(Я)→井崎→ニンジャマスターNEO→アイチ→レッカ(Я)→櫂(Я)→タクト(Я)→カムイ・三和・森川・井崎・タクト　→櫂(Я・かげろう)
※タクト(Я) 以降は、フリーイベント全部クリアで発生

福原高校

ストーリーで倒す順番

森川→アサカ→櫂→カムイ・ユリ→キョウ→ミサキ→エミ→レッカ→アサカ→光定(Я)→テツ(Я)→アサカ・レッカ→ゴウキ(Я)→シンゴ(Я)→光定→ナオキ→レオン→スイコ(Я)→櫂(Я)→タクト(Я)→テツ・アサカ・スイコ・キョウ・タクト→レン
※タクト(Я) 以降は、フリーイベント全部クリアで発生

３学校完全クリア後