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他のプレイヤーと協力し合ってマルチプレイができるモード。
ストーリーモードにおけるミッション中に共闘の証を入手する事で、遊べるミッションが追加されていく。
ただし、ミッションごとに階級が設定されており、多人数で遊ぶ際は一人でもその階級に達していないとそのミッションで遊ぶ事ができない。
ロクサスが操作キャラクター固定のストーリーモードとは違い、XIII機関メンバーの中から好きなキャラクターを操作キャラクターとして選択できる。
最初に選べるのは機関メンバー13人だが、ストーリーを進めていくとシオンやリクなども選択可能になり、最終的には総勢19名ものキャラクターでプレイすることができる。
なお、複数のプレイヤーが同じキャラクターを選択することはできない。このモードで選べるキャラクターはXIII機関も含めて全員ディズニーキャラクターであり、ディズニーキャラクターは二人同時に存在してはならないというディズニー社の決まり事があるためである。
これが原因なのかは不明だが、ボスとして登場するリクとサイクスはそれぞれ「アンチリク」「アンチサイクス」という見た目をハートレス風にした敵に差し替えられている。
- プレイヤーがリクやサイクスを選択していなくても相手は真っ黒の姿になってしまう為、好きなキャラクターとボスのリクを戦わせる等といったことはできないが、味方のキャラクターを攻撃することはできる。（詳しくは後述）
- 鎧のようなものを纏ったボスのシオンは見た目が変化しないのでプレイヤーがシオンを選択するとシオンが二人存在しているように見えるが…ミッションモードでは敵のシオンが戦闘ボイスを発しなくなる為別人という扱いなのかもしれない。
多人数でのプレイを想定しているため、ストーリーモードの時に比べて敵のHPが3倍になっている。
- ただし、HPゲージ1本あたりの量も3倍になっているため、ゲージの見た目は変わらない。
ミッション中は敵を倒したり専用のプライズを拾ったりすることでミッションポイントを獲得でき、1位になるとミッションクラウンが手に入る。
このモードはシングルプレイも可能だが、ミッションクラウンはシングルプレイでは手に入らないため、シングルプレイのみではこのゲームを完全にやり込むことができない。中にはレベルアップに必要なアイテムすら混じっているのでシングルプレイだとどんなに頑張ってもレベルMAXには至らない、というこの仕様は非難轟々だった。
ブレイブギアやパンドラギアなど特定の武器パネルも入手できないので、アイテムコレクターにとっては不便極まりないシステムである。
- この反省を活かしてか、BbSでマルチプレイができるミラージュアリーナではシングルプレイだけでも全てのアイテムを集めることができる仕様となった。
ついでに言うと、上述の3倍になった敵のHPもシングルプレイだからといって減るということはない。ただでさえストーリーモードの時点で硬いエネミーがさらに3倍硬くなるだけである。
開発当初はシングルプレイ時には各機関メンバーの配下ノーバディをNPCのパーティーメンバーに加えてプレイできる予定だったが、ハードの処理能力の関係で実装することができなかった。
機関メンバーが配下ノーバディを従えている様は多くのファンが見てみたいと思う光景だろう。実現できなかったことが残念でならない。
仲間同士での攻撃もオン・オフを設定できる。
- これはスクエニ・ディズニー両者の「XIII機関は協力し合っているより争っている方が彼ららしい」という判断によるもの。これによりミッションモードは「協力」よりも「競争」を全面に打ち出した設計となっている。
ただしオンにしても攻撃は当たりにくく、ダメージも物理魔法共に控えめ。
これにより二刀流ロクサスとソラとのバトルや、アクセルのファイナルリミットで「じゃあな先輩」を再現できなくもない。
再現だけでなく単純にプレイヤー同士のバトルを楽しむことも可能。
プレイアブルキャラクターは以下の通り。注釈のないキャラクターは初期から選択可能。
