クリア後

• ノーマルorベテランのどちらかをクリアすると、難易度ハイパーが選択可能になる
• クリア後にデータをセーブすることで、難易度（ノーマル、ベテラン、ハイパー）を自由に選択して初めからプレイできる。
  • それまでに獲得したクレジットやフレンドチケット、特典、ログブック（最新情報を除く）は
    全て前回のデータから引き継がれ、前回のデータでスキャンした物体などは、全てスキャン済みとされる。
• ファイル選択画面の左の3つの白丸（○）がクリア難易度に応じて、黒丸（●）になる。
  （上がノーマル、真ん中がベテラン、下がハイパー）

• ゲーム開始前のオプションメニューにクレジット（スタッフロール）が追加される。

• アイテム回収率７５％以上で追加エンディング

• アイテム回収率１００％でさらに追加エンディング
  メトロイドプライムはダークサムス誕生。
  メトロイドプライム2はダークサムス再生とダークサムスに関わる物だったが、
  フェイゾンが完全消滅した今作では、まさかの結末が…。

ドラッグで文字色を反転→「メトロイドプライム ハンターズ」で登場したバウンティハンター、サイラックスの船が出現。エリシアを飛び立ったサムスの後を追う。