特徴 
山手線・京浜東北線と総武線が立体交差している構造。日本でもかなり珍しいタイプの立体交差となっており、1階が改札階、2階が山手線・京浜東北線、3階が総武線となっている。
総武線ホームには上下線共にビン牛乳のお店が存在する。
利用可能路線 
- 山手線 2番線上野・池袋方面 2番線東京・品川方面
- 京浜東北線 1番線上野・赤羽・大宮方面 4番線東京・品川・横浜方面
- 中央・総武線(各駅停車) 5番線御茶ノ水・新宿方面 6番線船橋?・千葉方面
- 東京メトロ日比谷線
- 都営新宿線(岩本町?)
- つくばエクスプレス ※大回りでは利用できない
駅構内(JR東日本) 
駅構内の店舗 
5番線ホーム 
- NEWDAYSミニ
- 平日 6:30~23:00
- 土曜 6:30~23:00
- 日祝 6:30~21:00
- パンと牛乳のお店 ミルクスタンド
- 6:30~21:00
- 無印良品comKIOSK
- 平日 7:30~21:30
- 土曜 7:30~21:00
- 日祝 8:00~21:00
6番線ホーム 
- KIOSK(千葉より)
- 7:00~23:40
- KIOSK(御茶ノ水より/連絡通路付近)
- 7:00~22:40
- MILK SHOP LUCK 酪
- 6:30~21:00
- フロプレステージュ秋葉原
- 8:00~23:00
- ラポート
- 9:00~21:00
山手線・京浜東北線ホーム-6番線ホーム連絡通路 
- 新田毎
- 6:00~23:00
コンコース階 電気街口・中央改札口 
- 本場さぬきうどん 親父の製麺所
- そばいち
- とんかつ 銀座梅林
- Cafe Wheel Bar by PRONTO IL BAR
- 平日 7:00~22:30
- 土休日 7:00~22:30
- 味噌屋 与六
- 平日 8:00~22:30
- 土休日 11:00~21:30
コンコース階 昭和通り口 
- いろり庵きらく 秋葉原店
- 平日 7:00~22:30
- 土休日 7:00~22:30
駅構内(東京メトロ) 
駅構内の店舗 
備考 
- 山手線・京浜東北線ホームと総武線ホームは階段を使えばすぐに行ける。山手線・京浜東北線から行く場合、5番線は東京より車両に、6番線は上野寄りの車両に乗っておいたほうが良い。総武線から山手線・京浜東北線に行く場合は双方向共に5号車、6号車付近に階段が存在する。錦糸町での快速乗継もこの位置が近いのでラッシュ時は混雑する。そのためかE231系0番台の5号車は6ドア車になっていた。
- 総武線ホームにあるビン牛乳のお店は別会社だが基本は全く同じ ビン牛乳やビン牛乳コーヒーを飲む場合はその場で飲みきる必要がある。両者共に山手線・京浜東北線ホームに向かう階段の近くにある。