FFEX
グランドクリスタル?の開放による大気中に満ちたクリスタルエナジーの影響で強化された召喚獣たちのこと。
エンディング後に戦うことができ、基本的に通常版より強く厄介になっている。
神獣・ギルガメッシュ・オメガを除く召喚獣が変異体として出現する。
通常の個体に比べ以下の点が変化している。
・各種ステータス
・各攻撃の発生&硬直短縮
・カラーリング
・ドロップ品
・出現場所
・状態異常耐性の向上。
- 変異リヴァイアサン（例:通常ウォタガ→変異後クエイガ）など、攻撃自体が変化する者もいる。
植物であるドリュアスが溶岩地帯にいたりイフリートが氷の中にいたりといかにも異常といった連中が多い。
また、通常の召喚獣は特殊なクエスト以外では生息地へ行けば戦えるのだが変異体はその召喚獣の討伐クエストを受けないと絶対会えない。