3度にわたりキノコワールドをクッパ軍の魔の手から守ったマリオ兄弟はピーチ姫と一緒にはるか南の不思議な島国「恐竜ランド」の『ヨースター島』へバカンスを楽しむため旅立ったのだが、島に到着するやいなやピーチ姫が姿を消してしまった。
必死に探すマリオとルイージだが、見つかったのは島のはずれにあった卵だけ。中からはヨッシーと名乗る奇妙なドラゴンが出てきて、話し始めた。
彼の話によると最近この恐竜ランドに亀の姿をしたバケモノが現われ、島のドラゴンに魔法をかけて国を征服してしまったという。さらに助けに向かったヨッシーまでもが魔法をかけられて卵にされて捕らわれの身となってしまったのである。
伝説の3色ヨッシーまでもが捕らわれてしまった今、ピーチ姫を、恐竜ランドを救えるのは彼らしかいないのである。
味方キャラクター
- マリオ?
主人公。
ピーチ姫と恐竜ランドを救うため、旅に出る。
- ルイージ?
もうひとりの主人公。
ピーチ姫と恐竜ランドを救うため、旅に出る。
- ピーチ姫
ヒロイン。
クッパにさらわれる。
- ヨッシー?
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奇妙なドラゴン。
クッパによって卵に閉じ込められていた。
乗ることができ、色々な手助けをしてくれる。
敵キャラクター
ザコ敵
- ノコノコ
踏むとハダカガメになる。
- バサバサ?
- チョロプー?
- ジュゲム
- トゲゾー
- パックンフラワー
1ステージのみの登場。
- サンボ
- カロン
- ハナチャン
- ボム兵
一部のステージではシャボン玉の中に入って登場することがある。
- ウンババ
- バブル
- チョロボン
- プクプク
- ドッスン
- テレサ
- カメック
- メカクッパ
以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。
- ハダカガメ
ノコノコの甲羅が外れた姿。または、マントを失くしたマントガメの姿。靴の色で4種類存在する事が伺える。青のみ他とは姿が違う。
- マントガメ
マントで空を飛ぶカメ。踏むとハダカガメになる。青は更に2種類あり、光るマントをつけたものは踏むとマント羽根が現れる。
- クリボン
クリボーのいとこという設定の栗のキャラクター。踏んだだけではひっくり返るのみで倒せないが、その状態ならばアイテム扱いで手に持ち運べるようになる。ブロックの中に隠れていたり、シャボン玉の中に入って現れることもある。
- パタクリ
羽が生えたクリボン。しかし、地面を跳ねるのみで空は飛べない。踏んで羽を落とすと普通のクリボンになる。
- パラクリ
パラシュートで降下してくるクリボン。踏むか地面に着くと普通のクリボンになる。
- パラボム
パラシュートで降下してくるボム兵。踏むか地面に着くと普通のボム兵になる。
- ピーパックン
土管から飛び上がって一定時間経つと土管に戻るパックンフラワー。小さい炎の玉を左右に吐くタイプもいる。
- マグナムキラー
巨大なキラー。突如前方から現れる。キラーよりは速度は遅い。
- トゲメット
甲羅に一本トゲのついたメット。グルグルと地形を這い、垂直な壁や天井でもお構い無しに進む。メットと違い、甲羅にこもったりはしない。
- インディ
主に地下面に登場する巨大なモグラ。頭の上に乗ることができる。動きが素早く、ぶつかるとヨッシーに騎乗した状態でもマリオが直接ダメージを受けてしまう。
- フィッシングジュゲム
糸の先に1UPキノコをぶら下げたジュゲム。1UPキノコを取ると通常のジュゲムの行動になる。本作では一体のみの登場。
- パイポ
ジュゲムが落としてくるトゲゾーの卵。
- ドラボン
背の高い恐竜。1回踏むと身体が小さくなり、動きが速くなる。もう1回踏むと倒せる。鼻と尻尾に棘が生えているが、戦闘に役立たない。翼があるが、飛べない。
- アッパレ
振り子のように動くリフトに乗りハンマーを投げてくるカメ。前作までに登場したハンマーブロスの親戚にあたる。リフトはブロックになっており下から叩くと倒せるほか、残ったリフトは足場にできる。
- K・K(ケー・ケー)
横綱カメ。イラストでは禿げ頭だが、ゲームでは角がある。四股を踏むと真下に雷が落ち、地面が燃え上がる。
- ブル
アメフト選手のような格好をした敵。体当たりをしてくるもの、野球のボールを投げてくるもの、不規則に弾むラグビーボールを投げてくるもの、地面を掘り起こして岩を転がしてくるもの、その場でジャンプするもの、大ジャンプしてくるもの、分身するもの、口笛でグースカを起こすもの、口笛でマントガメを呼ぶものなどさまざまなタイプが存在する。3回踏む、ファイアボールを5発当てるなどで倒せる。口笛をふくもの以外は1回踏むと体当たり攻撃になる。
- バウンドファイア
炎。着地地点に火を残しながらジャンプで向かってくる小さい炎。本体はスピンジャンプで踏めるが、小さい火は踏めない。マントやヨッシーで倒すことができる。スペシャルステージのみ登場。
- ジャンボバルーン
緑色で巨大なバブル。お化け屋敷のステージに出現し、空中を飛び交う。
- ライタ
チョコレー島に生息する緑色の恐竜。踏まれるとチビライタになる。
- チビライタ
小型になったライタ。前方や上方に向かって炎を吐く。炎は非常に強力で、触れるとヨッシーに乗っている状態でもダメージを受けてしまう。最初からこの形態のものもいる。双葉社刊行のゲームブックにはチビッコ・ライタとして登場する。
- ポンキー
地上で4つの弾を吐き出す花。前作のスイチューカの地上版。弾はマントで相殺できる。
- ブクブク
プクプクの親戚。ゴーグルをかけた緑色の魚。水中をまっすぐ進む。マリオ3までに登場したプクプク緑に該当。
- グースカ
魚の敵キャラクター。普段は眠っているが実際は凶暴、マリオが近づくと起きて襲ってくる。無敵マリオの時はマリオから逃げる。
- フグマンネン
水面でマリオを追いかけるトゲトゲの魚。リフトンが登場するステージには必ず登場する。
- 機雷(トゲ玉)
水面を動く障害物。基本的に無敵マリオ以外では倒せないが、ヨッシーで食べる事は可能。
- ウニラ
ウニのような敵。ドッスンのように一定区画を移動する障害物のような敵(ただし、無敵状態でしか倒せないドッスンと違い敵をぶつけるなどで倒せる)。迷いの森のステージ2にのみ登場。
- トーピード
キラーの水中バージョン。発射口から出現して前進する。ソーダの湖にのみ登場。スピードが速い。倒すことはできないが、GBA版ではルイージのみヨッシーで他の敵を吐き出して当てると倒すことが出来る。
- コトン
ドッスンのミニチュア版。ジャンプして行ったり来たりする。スピンジャンプで踏むことができる。カメックの魔法で出現する事もある。
- アトミックテレサ
巨大なテレサ。テレサと同様、向かい合っているときは動かず、マリオが背を向けると追いかけてくる。ずっと向かい合っていると突然表情が変わる。マントを広げ、滑空するときの格好のまま、床をスライドして体当たりすると倒すことが出来る。ドーナッツ平野の隠しステージではボスとして出現。
- テレサウルス
恐竜の幽霊。まっすぐ前に進んでいく。平行移動するタイプと、波型移動するタイプがいる。
- スプーク
フィッシングジュゲムの幽霊。1UPキノコの代わりに鬼火のようなものをぶらさげている。物を投げることはない。一体のみの登場。
- ホネメット
全身が骨になっているメット。カロンと同じく踏むとバラバラになり復活する。ときどき背中から針を出すことがあり、その際は踏めない。
- フィッシュボーン
水中に登場する魚の骨。直進してくる。GBA版のみマントで倒せる。
- グルグル
軸を中心に円を描いて回転する鉄球。
- ガリガリ
円盤のこぎり。城や砦に設置されたレールに沿って移動するものと、地面に沿って転がってくるものがある。倒せないがスピンジャンプで踏むことは可能。
- ギコギコ(のこぎり君)
ガリガリの派生版のようなもので、両刃ノコギリの形をしていてレール上を移動する。倒せないがスピンジャンプで踏むことは可能。
- ケセラン
小さい電気の玉。足場をグルグル回っている。
- パサラン
大きいケセラン。動きがケセランより遅い。
- ハックン
クッパの城の暗闇の部屋で登場。一箇所にとどまり、時々飛び跳ねる。スーパーマリオUSAなどにも出現。