プロローグ

宇宙世紀0123年…
宇宙海賊「クロスボーン・バンガード」が腐敗した地球連邦政府に宣戦布告をし、コロニー「フロンティアⅣ」を攻撃したのがきっかけで「コスモバビロニア建国戦争」が始まった。
ガンダムF91の起動、無人殺戮兵器「バグ」による人類粛清でフロンティアⅠの人々が殺される出来事があり、戦争は最終局面を迎えようとしていた。
ガンダムF91 のパイロットであるシーブック・アノーはセシリー・フェアチャイルドのベラ・ロナとしての父・鉄仮面ことカロッゾ・ロナの操る妖花と呼ばれる巨大MA「ラフレシア」を撃墜した。
セシリーの飛ばされた方向へ進むシーブックは探せど探せどセシリーは見つからない。
母であるモニカ・アノーから通信が入る。
モニカが言うにはF91iサイコミュシステムの一種であるバイオセンサーの他にもう一種のサイコミュシステムが搭載されているその名は「ネオ・サイコミュシステム」
バイオコンピューターとバイオセンサー、ネオ・サイコミュシステムを完全同位して脳波に伝えれば相手の意志が分かると言う。
少し進むとセシリーが出撃する前に搭乗機であるビギナ・ギナに強力テープで張られていた花を見つける。
「これは…セシリーの花?この近くにセシリーが!」
が、探してもセシリーが見つからず、セシリーの花が突然光り出した。
F91と中にいるシーブックが光に包まれる。
「セシリーの思念なのか!?暖かくて心地がいいな…」
シーブックが宇宙空間から消えて行った。






コズミック・イラ73
　この世界ではやはり戦争が続いていた｡
　宇宙空間で運命の名を冠するMS､デスティニーを駆るシン･アスカと
正義の名を冠するMSを駆るアスランは激しい戦闘を繰り広げていた｡

「もうお前も､過去に捕われたまま戦うのはやめろ！」
　アスランの言葉に一瞬シンの動きは止まる｡
「そんなことをしても､何も戻りはしない！」
「な､何を！」
「なのに未来まで壊すつもりか､お前は！お前が欲しかったのは､本当にそんな力か！？」
　シンはアスランの言葉に過去の出来事を思い出す｡
(お兄ちゃん！)
(敵って､誰だよ……)
(それは弱さだ｡それでは何も守れない)

「だけど…だけどーっ！」
　暴走したシンはアスランと共にルナまで撃墜しようとする｡
　が､次の瞬間シンのデスティニーは撃墜されていた｡
　SEEDを覚醒させたアスランによって……｡
(俺は……死ぬのか……)

　シンは薄れて行く意識の中でそう呟く｡
「シン！……シンーｯ！」
　インパルスに乗ったルナの声が聞こえる｡
(ルナの声…？でも…もう何も見えない……)
　シンは死を覚悟した｡何も見えない｡光が眩しすぎる……｡だが不思議と痛みは感じなかった｡
(……光が､拡がっていく……)
　そして､シン･アスカとデスティニーはこの世界から姿を消した｡

　時空間航行艦アースラ

「クロノ君､また時空に歪みができてるよ！」
「またか……｡場所は？」
「なのはちゃん達のいる世界だよ」
「やっぱりか……」
　このところ時空の歪みが発生し、現場に駆け付けると
大量の傀儡兵が出現するという事件が多発していたのだ｡
　恐らくこの世界のどこかにその原因となるロストロギアがあるのだろう｡
　もしくは何者かの意図によるものか……｡

「なのは､フェイト｡また時空に歪みが生じている｡すぐに現場に向かってくれ」
　クロノは時空管理局の嘱託魔導師であるなのは､フェイトに伝える｡
　彼女達は9歳という若さで闇の書事件を解決に導いた時空管理局のエースである｡

「「了解！」」
　なのはとフェイトの声がアースラに響く｡もちろん彼女達の答えはYESだ｡

　そして彼女達はこの後､運命的な出会いを果たすこととなる……｡