クエスト／メイン

メインストーリークエスト

クラウディア編

見えざる敵
ハントの恋
ニアを探して
ヴァイスの依頼
疑惑の追跡（ネイブタウン開放）
時空間魔法
真相
英雄の帰還
分裂の行方
次元を越えて
新たなる空（錬金ジェネラルシリーズ解放、アルメディッカ空域開放）
トラントリア防衛戦
グランフォース襲来
バルディア大戦
陰謀の結末
ニアを救え（錬金アイギス・伝説シリーズ解放、開発室開放）

フロンティア編

フロンティアの謎（夢幻の神域解放）
フロンティア調査（勇気の炎庭、大海の水域解放）
フロンティア伝説（深愛の地岩、進化の氷場解放）
フロンティアの脅威（星空の聖域解放）
フロンティア追跡（生死の闇域解放）
フロンティアの使者（記憶の無廊開放）
フロンティアの扉（創造の環解放）
フロンティア覚醒

エルディア編

新たなる大地（錬金エルディア防具解放）
新種の魔獣（錬金エルディア武器解放）
魔獣工廠
守りたいもの
謀略の予兆
新たな空と小さな冒険者（エルディア上空・東開放）
宵闇の永久思念（エルディア上空・北西開放）
魂の記憶（エルディア上空・南西開放）
エルディアに差す光

廻る世界

廻る世界
＊ストーリー上はサブクエスト扱いだが、事実上フライハイトシリーズの完結編

開発室 B3FのLEMSで、クラウディア編の追体験が可能