エンディアン依存するんだけど？

バージョン5.1から、バイトコードを作成する環境と実行する環境のエンディアンが異なる場合は動作しなくなっています。
どちらでも動かしたい場合は、下記のリンク先のようにlundump.cを少し変更する必要があります。
http://lua-users.org/lists/lua-l/2006-02/msg00507.html

この変更を加えると、実行時にスワップ処理が入るため若干遅くなります。
「バイトコード作成環境はリトルエンディアンで、実行環境はビックエンディアン」のように、
環境が固定の場合は、ldump.cのダンプする箇所でスワップしてやることで
実行時のコストを抑えることが可能です。