『ゼルダの伝説 時のオカリナ』の数か月後のストーリー。
ハイラルでガノンドロフの野望を阻止したリンクは、旅の終わりで別れた大切な友を探すため、愛馬エポナと共に旅をしていた。
ある森を探索中、リンクは奇妙な仮面を被ったスタルキッドに襲われる。不意打ちを受けたリンクは「時のオカリナ」とエポナを奪われたあげく、仮面の呪いで姿をデクナッツに変えられてしまう。リンクは置いてきぼりを喰らったスタルキッドの仲間チャットと共にスタルキッドを追いかけ、異世界「タルミナ」に辿り付く。
2人はタルミナの町クロックタウンでスタルキッドの行方を探すが、その過程でスタルキッドの持つ「ムジュラの仮面」の恐ろしさと、月の落下によって滅亡するタルミナの運命を知ってしまう。タルミナを救うためには、3日経つ前に空から落ちてくる月を何とかしなければならない。
リンクとチャットは月の落下を防ぎスタルキッドから仮面を奪い返す方法を探すため、タルミナ各地を冒険する。
メインキャラクター
- リンク?(プレイ開始時に好きな名前を登録することも可)
CV:瀧本富士子
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主人公。7年後の世界で「時の勇者」となり、魔王ガノンドロフを倒し元の時代(7年前)に戻ってきた少年。
冒険の終わりで別れた"かけがえのない友人"を捜す旅の途中、スタルキッドに「時のオカリナ」とエポナを奪われてしまい、追っていったところタルミナという異世界に迷い込む。
3日後に月が落下して滅亡するというタルミナの運命を変えるため、3日間という時間を繰り返しながらタルミナを冒険することになる。
- チャット?
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リンクの冒険のサポートをしてくれる黄色い妖精。気が強い女の子だが、弟思いな一面もある。
物語の序盤で弟のトレイルとはぐれてしまい、スタルキッドを探すためリンクに協力し相棒となる。
リンクが時の歌で時間逆行をする際に一緒に逆行するので、基本的には時の歌の影響を受けない。
- エポナ?
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リンクの愛馬。
スタルキッドに奪われてからはリンクと逸れてしまうが、ロマニー牧場で再会する。
『時のオカリナ』では子供のときには乗ることができなかったが、今作では乗れるようになっている。
- スタルキッド?
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突然リンクの前に姿を現した子鬼。森で迷った子供のなれの果て。
チャットとトレイルという2匹の妖精を連れている。
ムジュラの仮面に操られており、月を衝突させる事で全てを滅ぼそうとしている。
- トレイル?
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紫色の気の弱い妖精。チャットの弟。
物語の序盤でチャットと離れ離れになってしまい、以降はスタルキッドと行動を共にしている。
沼・山・海・谷にいる4人の人物を連れてきてほしいという彼の言葉を手掛かりに、リンクとチャットは冒険に出かけることとなる。
- お面屋
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ムジュラの仮面の元の持ち主。
穏やかな物腰で笑顔を絶やさない、得体の知れない謎の人物。しかし、リンクが仮面を取り戻していないと知るや、怒りの表情をみせるときもある。
スタルキッドに襲われて仮面を奪われてしまい、リンクに仮面を奪い返すよう依頼してくる。
お面をつけた状態で話すと、そのお面を解説する。時の歌の影響を受けない数少ない人物。
前作に登場したハイラル城下町のお面屋と瓜二つだが、同一人物かは不明。