第1回(2009.05.27)
1.ArのMDをもう一回きちんと作る
2.動径分布関数を勉強する
3.手計算でKKYポテンシャルを微分して力を出す
パラメータの単位とか確認
4.水分子1つだけ見ておかしくないかチェック
第2回(2009.06.04)
1.packing factor(充填率)が状態を決める
2.ポテンシャルが複雑なとき無次元化は重要でない
3.レナードジョーンズとソフトコアは違うらしい
4.周期境界条件ifを使うか使わないか、速度の違い
5.レナードジョーンズなら隣のセルぐらいまで計算すればいい
第3回(2009.06.10)
1.Δtを小さくとる
ふつうはfsぐらい(時間の単位のE-1～E-3)
2.粒子2個でやってアルゴリズムが正しいか確認
3.エネルギーのグラフを書き出す
保存しているかどうか
4.粒子数は結晶構造を作りやすい数
配位数*n^3
5.Δtを少しずつ変えてステップに対するエネルギーのゆらぎの依存性を見る
第4回(2009.06.17)
1.力の無次元化の単位
2.力とポテンシャルの式があってるかどうか、式と数値計算の値を重ねて比較
3.ポテンシャル最小(力ゼロ)の位置に粒子を配置したら静止するか確認
4.少し安定点から離した位置に粒子を配置したら振動するか確認
第5回(2009.06.25)
粒子の初期位置(固定=安定位置付近)とセルの長さを与えて, 力, PBCがあってるか確認。
1.セルの長さを大きくとり, ポテンシャルminの付近で単振動することを確認
2.セルの長さを小さくしていき(Ar(liquid)の密度が与える長さ(Lmin)まで), 幾何学的安定位置で振動するか確認
第6回(2009.07.01)
1.平均2乗変位・動径分布関数・拡散定数を見る。
2.温度-エネルギーのグラフをかく。
3.相転移のところ結果だけまとめる(大理石の統計の教科書)
(知識がないとシミュレーションの結果を見ても解釈できないから)
(わからないからって統計力学を初めからやり直したりしないように,すぐ戻ってくる)。
教訓:研究に必要なことを必要な時に必要なだけ勉強する。人に頼る。そっちに行ったままそこにはまって行き先を間違えたり、見失ったり、すり替えたりしない。
第7回(2009.07.08)
1.分子シミュレーション討論会の〆切が9月18日。
2.7月中に平均2乗変位, 拡散, 2体分布関数, 動径分布関数を終わらせる。
(勉強のまとめとArのシミュレーション)
3.平均2乗変位で周期境界条件を考慮。