前作S.T.A.L.K.E.R. SHADOW OF CHERNOBYLの一年前が舞台。
とある科学者集団に護衛を頼まれた傭兵"Scar(=プレイヤー)"は、任務の最中突如発生した"Emission"に巻き込まれてしまう。
彼を救ったのは、不安定化するゾーンの謎の解明を目的とする組織"Clear Sky"だった。 Clear Skyに協力を要請されたScarは、鍵となる、ある人物の行方を追うことになるが・・・
ぶらいと
