人類が地球を捨て去り、ほかの惑星へと移住して1,000年が経過した未来。
ある宇宙遠征任務からの帰路につく兵士サイファ（ウィル・スミス）と
息子のキタイ（ジェイデン・スミス）を乗せた宇宙船にトラブルが発生して機体が破損、
緊急シグナルを搭載した尾翼部が地球へと落下する。
それを追って地球に宇宙船が不時着するが、
ほかのクルーたちは死亡してしまい、サイファも重傷を負ってしまう。
帰還に必要な緊急シグナルを捜そうと大自然に足を踏み入れるキタイは、
地球の生態系が人類を消し去るために進化していることを知り……。