スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、
グウェン（エマ・ストーン）との関係も好調なピーター（アンドリュー・ガーフィールド）。
だが、旧友のハリー・オズボーン（デイン・デハーン）が
ニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。
そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ（ポール・ジアマッティ）、
人間発電機エレクトロ（ジェイミー・フォックス）という敵が出現。
苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように
怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。