明治維新の1870年代。西洋式の戦術を日本政府軍に教えるため、
南北戦争の英雄ネイサン・オールグレン（トム・クルーズ）が来日する。
だが彼はアメリカ政府のやり方に失望、
また自分が果たしたインディアン討伐を悔いており、魂を失っていた。
一方、武士の勝元盛次（渡辺謙）も、近代化の波により、
自分の信じる武士道が崩壊しかけていることを感じていた。
勝元や彼の妹たか（小雪）らと共に武家で生活することになったオールグレンは、
外国文化を嫌う武士の氏尾（真田広之）らと対立しつつも
武士道に惹かれ、やがて侍たちとの絆を深めていく。
