国際テロ組織コブラの一員ザルタン（アーノルド・ヴォスルー）が
アメリカの大統領（ジョナサン・プライス）に成り済まし、
宿敵である機密部隊G.I.ジョーの抹殺命令を下す。
パキスタンで任務に就いていたG.I.ジョーの面々は壮絶な襲撃を受け、
ロードブロック（ドウェイン・ジョンソン）をはじめとする数名を残して壊滅。
彼らが絶体絶命に陥っている中、コブラは世界の主要都市を侵略し、
ついには核爆弾をロンドンへと落下させる。
コブラと戦いたくとも為すすべのないロードブロックたちは、
G.I.ジョー初代長官のジョー（ブルース・ウィリス）の助けを得ることにする。
