5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。
日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。
しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。
地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに
なんとMIB本部が占拠されてしまう。
一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。
ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。
しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。
果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？
