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添付プロトマケットゼットン 
担当声優：なし(SEのみ)
「ゼットン・・・」
【特徴】
プロトマケット怪獣の1体だが、トリヤマ補佐官がそのカプセルを落とし、破損させたことでコンピュータウイルスと化した。
オリジナルのゼットンと同じ技を使うが、このボスとの戦闘は仮想世界で行われ、負ければ二度と現実に戻れなくなり、即ゲームオーバーとなる。
【プロトマケットゼットンの技】
ゼットン光弾
【斜め下に赤い光弾を三連射する。】
ゼットンブレイカー
【手を合わせた構えを取り、この時に相手の飛び道具を受けるとビームで撃ち返す。】
テレポートアタック
【その場で消え、前方に移動しつつパンチを放つ。】
一兆度の火球
【小さな火の玉を放つ。】
Uキラーザウルス・ネオ
担当声優：玄田哲章(ヤプール)
「仲間だと？笑わせるな！そいつらは単なる捨て駒だ！」
【特徴】
Uキラーザウルスが超巨大化して復活した姿。
無数に増えた触手、その爪先から放つ赤い電撃、目からのビーム、全身のトゲ状の生体ミサイル、
腹部から放つ強力な破壊光線等、全身が武器となっている。
【Uキラーザウルス・ネオの技】
触手
【無数の触手を伸ばして攻撃する。】
フィーラーショック
【触手の爪先から赤い電撃を放つ。】
キラー・ウォーヘッド
【全身のトゲ状の生体ミサイルで敵を攻撃する。】
キラーアイレイ
【目からビームで敵を攻撃する。】
バイマナイト・レイザー
【腹部からの破壊光線で敵を攻撃する。】
ザウルス・フルバースト
【超最強必殺光線を放つ。一度しか使わないが、当たると一発でゲームオーバーになるので要注意。発動時、発射まで時間がかかるので背後に回り込めば回避できる。】
ボガール
担当声優：小山萌子
「早クメビウスニナレ。オ前ノ大好キナ命、タクサン死ヌゾ？」
【特徴】
「高次元捕食体」の別名を頂く宇宙生物。底無しと形容して差し支えないほどの旺盛な食欲を持ち、その赴くままに宇宙各地を渡り歩き、気に入ったものを捕食して回っている。
【ボガールの技】
尻尾攻撃
【尻尾で敵を攻撃する。】
光弾
【掌から野球投げの要領で放つ光弾で敵を攻撃する。】
ボガールモンス
担当声優：小山萌子
「コイッ、ツルギ！」
【特徴】
触手や光弾などの遠距離攻撃が得意。雷属性の攻撃に耐性がある。
また、体力が0になるダメージを受けると自爆する。
【ボガールモンスの技】
触手
【触手を伸ばして攻撃する。】
光弾
【光弾を放つ。】
捕食
【ファイターを捕らえ、捕食しようとする。】
HPが0になるダメージを受けた時
【攻撃をHP1で耐え、自爆する。これで自分がやられるとゲームオーバーになるが、耐えると勝利できる。】
ビームミサイルキング(ボス)
担当声優：なし
【特徴】
暗黒四天王のデスレムが、ウルトラ兄弟抹殺のために送り込んだ最強ロボット。
【ビームミサイルキングの技】
ショルダーミサイル
【肩からショルダーミサイルを放ち、敵を攻撃する。】
メガランチャー
【胸からメガランチャーを放ち、敵を攻撃する。】
ジャイアントミサイル
【背中からジャイアントミサイルを放ち、敵を攻撃する。】
ビーム砲とミサイル砲
【両腕・両足からビーム砲とミサイル砲を放ち、敵を攻撃する。】
アークボガール
担当声優：佐藤正治
「オードブルにしては中々楽しませてくれたがな！」
【特徴】
ボガールの頂点に立つボガールの王。
【アークボガールの技】
破壊光弾
【爪から破壊光弾を放ち、敵を攻撃する。】
アーマードダークネス(ボス)
担当声優：大友龍三郎
「…無駄だ、諦めろ…」
【特徴】
エンペラ星人が用意した鎧。
【アーマードダークネスの技】
ダークネスブロード
【腰に携えた剣で敵を攻撃する。】
ダークネストライデント
【常に手にしている柄が伸縮自在な槍で敵を攻撃する。】
レゾリューム光線
【エンペラ星人が使用していた光線と同様で、ダークネストライデントの矛先から放つ光線で敵を攻撃する。】
ギガレゾリューム光線
【エンペラ星人の必殺技「レゾリューム光線」をダークネストライデントの両刃先に纏わせ、回転させながら一気に放つ強化光線で敵を攻撃する。】
ギガキマイラ
担当声優：なし(SEのみ)
【特徴】
スーパーヒッポリト星人、キングゲスラ、キングパンドン、キングシルバゴン、キングゴルドラスの残存エネルギーと、黒い影法師たちの生み出す世界に渦巻く無数の悪意のエネルギーが融合・合体して誕生した超巨大な姿を持つ大怪獣。
【ギガキマイラの技】
デカダント・ヘルレーザー
【スーパーヒッポリト星人型の胴体の四方から突き出た4つの触角から放つ破壊光弾で敵を攻撃する。】
ゴルド・デストラクター
【キングゴルドラス型の首の口から放つ電撃光弾で敵を攻撃する。】
シルバ・デストラクター
【キングシルバゴン型の首の口から放つ青色火炎弾で敵を攻撃する。】
ツイン・デストラクター
【シルバ・デストラクターとゴルド・デストラクターを複合した光線で敵を攻撃する。】
パンドン・ヘルマグマ
【キングバンドンの口から放つ火球で敵を攻撃する。】
デザスタル・バースト
【スーパーヒッポリト星人の顔に全てのエネルギーを集めて放つ光線で敵を攻撃する。】
