BIG BOSS

本名ジャック。今作の主人公である。また、スネークイーター時のコードネームはNaked Snake
元FOXHOUND総司令官であり、独立武装国家アウターヘブンの首領。本名はジョン。身長 180cm、体重89kg。ベトナムに於いてLRRP（長距離偵察作戦）に参加し、SOG（スペシャル・オペレーションズ・グループ）、グリーンベレー、ワイルド・ギースで活躍、70回以上のミッションを務めた。その後傭兵として世界各国を回り、神話的存在となる。80年代に様々な地域紛争、民族紛争に参加、一時期はジャーナリズムの的にもなった。作戦中に右目視力を失った事もあり戦線を退き、その後は軍事教育を講じるようになる。90年に入り、ハイテク非正規特殊部隊FOXHOUNDの初代作戦総司令官として任命され、国内に呼び戻される。同時に軍事要塞国家アウターヘブンを南アフリカ奥地に築き、世界の軍事統制を目論むが、自ら派遣したFOXHOUNDの新人隊員ソリッド・スネークによる想定外の活躍によって阻止される。その際に死亡したと思われていたが、奇跡的に生き延び、中東に逃れて独立武装要塞ザンジバーランドを築いた。同時に世界が深刻なエネルギー危機を迎える中、石油精製藻類 OILIXを開発したキオ・マルフ博士を拉致し、世界に対して軍事的、経済的優位を確保しようと試みる。しかし、新体制となったFOXHOUNDによって送り込まれたソリッド・スネークの手により再度計画は頓挫、全身を焼き尽くされ、その生涯に幕を閉じた。
上記の設定は『メタルギア』及び『メタルギア2』のものであるが、『MGS3』『MPO』で描かれたビッグボスの経歴と異なる部分があり、作品監督の小島秀夫は「MG、MG2はパラレルワールド的なものでMGSシリーズと完全に繋がっているわけでは無い」としている。
『MGS4』では、実際には愛国者達の創始者ゼロの手によって回収、人工的な脳死状態にされ、その身体は生きたまま保存されていたことが明らかになる。

MGS3

OXHOUNDの前身であるFOX部隊に所属する工作員「ネイキッド・スネーク」として登場、1964年にソ連国内での極秘任務中、師であり伝説の兵士である「ザ・ボス」をやむなく殺害、以降ボスの座を受け継ぎ、ザ・ボスを超える者として「ビッグ・ボス」の称号を得た。
作戦中に捕虜となった際、EVAをかばうためオセロット少佐（後のリボルバー・オセロット）に体当たりし、暴発した彼の拳銃によって右目を失っている。 有毒な生物でも手当たり次第に食べたり、通信の会話では天然ボケのような言動も見せている。なお、軍事兵器や銃器への知識の造脂は深いが、科学的な知識には疎い一面も。 普段は映画を見るような性格ではないものの、007は知っている様子。 また、段ボール箱の魅力を体感した最初のスネークでもあるが、後付け設定となる為『メタルギア』では段ボールの魅力を語る事はない。吸血鬼が苦手であり、その話題が出るだけで吸血鬼が登場する悪夢に苦しむほど。

MPO

ネイキッド・スネークとして再び主人公となる。1970年にFOX部隊の反乱に巻き込まれるが、ロイ・キャンベルらの協力を得て反乱を鎮圧。 この事件後、作戦の協力者達と共に特殊戦闘部隊FOXHOUNDを組織する。
また、反乱軍の首領・ジーンの思想に影響され、彼から受け継いだ資金と人脈は後にアウターヘブンを築く基となる。

MG

特殊戦闘部隊FOXHOUND総司令官として登場。主人公であるソリッド・スネークのサポート役となり、無線では「コチラBIGBOSS」と始め、「～over」と終了する。その後のメタルギアソリッドシリーズに見られるようなジョークや雑学混じり無線は一切なく、要件だけを話してすぐに交信を終了していた。また、普段はこちらから呼びかけても応答が無い。ファミコン版のメタルギアでは、新たなアイテムを発見した場所で通信するとそのアイテムの使い方を説明する。武器に関しては「ツカイカタハ　ワカッテイルナ？」で終わるが、敵のユニフォームを発見した部屋で通信を行うと「セーラーフク　カ？」と天然ボケな返答をする。
南アフリカに出現した独立武装国家アウターヘブンを調査するためグレイ・フォックス、そして新人隊員であるソリッド・スネークを送り込む。しかし物語の後半からそのサポートがおかしくなり始め、最後にはアウターヘブンの統率者が彼自身であったことが判明する。新人であるスネークを送りこんだのも情報攪乱のためであったが、スネークの活躍を予想できず、アウターヘブンの崩壊を許してしまった。最終局面で「オマエハヤリスギタ ヤリスギタノダ」（お前はやりすぎた、やりすぎたのだ）と叫んで戦いを挑んでくる。戦いの末スネークに敗れ、一時行方不明となるがエンディング後に「また会おう」という言葉を残していた。

MG2

アウターヘブンでのスネークとの戦いで瀕死の重傷を負っていたが、両手、両足、右目、右耳を失った状態でサイバネティック・オーガニズムの実験媒体として体の一部が機械化された状態となって生きており、作品では「もはや人間の体ではなくなった」という記述が見られた。中東に独立武装要塞ザンジバーランドを築き、アウターヘブンにいた有能な兵士達を何人か救出し、再び仲間に引き込んでいた。OILIXを開発したキオ・マルフ博士を拉致し、世界に対して軍事的、経済的に優位に立とうとした。
しかし、新体制となったFOXHOUNDによって再び送り込まれた、ソリッド・スネークの手により計画は頓挫した。最終局面では、メタルギアとの戦いで傷つき装備も失ったスネークの前に出現し、マシンガンを乱射して追撃するが、ライターとスプレーを組み合わせて即席の火炎放射器を作り上げたスネークに再び敗北、ついに命を絶たれる。 「どちらが勝っても、我々の闘いは終わらない。敗者は戦場から解放されるが、勝者は戦場に残る。そして生き残った者は死ぬまで、戦士として人生を全うするのだ。」という言葉を遺しており、スネークにとってトラウマとなっている。

MGS4

すでに死亡したと思われていたが、ビッグ・ボスの英雄性を「愛国者達」の象徴に据えようとするゼロ（デイビッド・オウ）によりナノマシンで人工的な脳死状態にさせられ、その体を保存されていた。ビッグ・ママを名乗って活動していたEVA率いるレジスタンスの手でその身体は奪還されたが、最後には炎の中に投じられ、リキッド・オセロットによってとどめを刺される事となった。
しかし、この時の遺体はソリダスの遺体と摩り替えたダミーであり、本人はこの時点でまだ生きていた。EVAによって救出された後はオセロットやナオミの手により、身体の欠損をリキッドやソリダスの遺体の一部で補って回復し、作品終盤でJ.D.が破壊されたことにより昏睡状態から解放された。ビッグ･ボスの墓前で命を絶とうとしていたソリッド・スネークの前にゼロと共に突如現れ、「愛国者達」や事件の真相を語る。そして同じく生きていたゼロの生命維持装置を停止した後、「戦うことをやめ、蛇(スネーク)としてではなく人間(デイビッド)として生きろ」と告げ、ザ・ボスの墓石に寄りかかり、葉巻を口にした後ソリッド・スネークのもつFOXDIEによって静かに息を引き取った。また、ゼロを絶命させる際にはかつて良き関係だった頃の彼の姿を懐かしんでいた。