天野ケータ
普通の小学生5年生。ある日、おおもりやまの奥でガシャを発見しそれを回すとウィスパーと言う「妖怪」が出てきて、妖怪を見ることができる不思議な腕時計妖怪ウォッチを使って数々の妖怪が引き起こす妖怪不祥事案件を解決していく。
木霊フミカ
小学5年生の女の子。ゲームでは妖怪ウォッチを使うこともできるが、アニメでは一部回を除き妖怪が見えない。ケータが密かに恋してる女の子である。通称フミちゃん。
未空イナホ
宇宙が大好きな自称全方位オタク。元々はただのアニメなどが好きなオタクだったが、ある日宇宙と更新できると書いてある時計を購入して、更新はできなかったので騙されたと思ったが実はそれは妖怪ウォッチであり、その後に見つけたUSAピョンと一緒に冒険していく。イナホの登場によりフミちゃんの出番が少なくなったが、のちに立場逆転してる。
ウィスパー
謎のお坊さんによって、妖怪ガシャに封印されてきたが、ケータによって出された。以後はケータの執事としていくことになる。いつも妖怪をケータが見つけたら、知ったかぶりをして密かに妖怪パッドで妖怪の情報を調べる。吉本新喜劇のネタぐらいベタだがこれが面白い。ちなみに回が進むにつれてウィスパーの紹介出番は少なくなってる(気がする)
ジバニャン
地縛霊の猫。生前はアカマルとしてエミちゃんという飼い主がいたが、彼女がトラックに轢かれそうになって助けた結果轢かれて死んだ。エミちゃんは最後にダサッという言葉を言った。そのことからジバニャンはトラックに復讐するために特訓に励むようになった。その後はケータの家に居候していて、よく一緒にいるか、家でゴロゴロしてる。チョコボーが大好き。ちなみにのちのジバニャンの秘密という回でこのエミちゃんの言葉の真意が明らかになる。BGMもあって余計に泣けてくる。
コマさん
狛犬の妖怪。弟のコマじろうがいる。コマじろうはしっかり者に対して、コマさんは田舎者でよく周りを呆れさせる。葉っぱを頭につけることで人間に化けることができる。ソフトクリームが大好き。4コマさんや北斗の犬などと言ったコマさんのコーナーなどもあり、かなり優遇されてる。よくジバニャンと対比的に描かれることが多いが、二人はいたって仲良し。
USAピョン
小動物の妖怪。元々はヒューリー博士という人の元で実験動物としていて、USAピョンは博士のことが大好きだったが、USAピョンは実験で死んでしまい、ヒューリー博士はロケット開発を諦めた。その後USAピョンはイナホと協力して、ヒューリー博士に夢を再び取り戻させた。その後もイナホと冒険に巻き込まれる。