旗艦

旗艦は通常の12種類の艦船とは違う、特殊なスキル（旗艦スキル）を持っている大型艦船。

生産

設計図の研究を通じて、惑星ではなくプレイヤー単位で生産が可能になる。
研究済みの設計図を所持している場合、造船所Lv.5であれば、図面に書かれた必要なパーツを使い生産が可能。
生産する際、名前と色を指定する事でオリジナルの旗艦にできる。
所持惑星数ではなく、プレイヤーLv.5辺り1台ずつ保有可能。

配属

旗艦は他の艦船と同様に、自分が保有するどの惑星にでも移動させ配置できる。
旗艦は配置状態の場合のみ、戦闘に参加可能。

レベル

訓練や、戦闘の度に獲得する経験値によってレベルを上げられる。

復旧

旗艦は他の艦船と異なり、破壊されても消滅しないが、その時配置されていた指示を出す惑星がその旗艦を設計及び生産できるだけの研究技術力*1及び造船所Lv.を満たしていないと復旧できない。
また、復旧には基礎クラスの場合で1,150,0001,000,000+50,000*(対象旗艦のLv.)のクレジットが必要。

追加仕様

・旗艦を同行させた艦隊は、移動速度が2倍。
　※旗艦の能力に移動速度増加系の内容が存在する場合は重複します 。
・設計図の所持数制限撤廃
・旗艦はプレイヤーレベルと同じ数所持できる。

• なお、設計図は一回限りの使い捨て -- 2013-01-29 (火) 08:42:18
• 同じ旗艦でもレベルが上がると、復旧費用が増加するので注意。 -- 2013-05-30 (木) 12:59:02
• 現在は、破壊された旗艦の配置場所は「N/A」になり、上記条件を満たしてさえいれば、破壊された時に配置されていた惑星以外でも復旧できるようになった。 -- 2013-06-12 (水) 00:32:16
• 攻略した惑星に旗艦がある場合には、手に入らないんでしょうか？ -- 2016-03-24 (木) 00:12:51
• 無理だよー -- 2016-03-26 (土) 18:55:56
• ｷﾀ――(ﾟ∀ﾟ)――!!１位！！ -- 2018-03-27 (火) 05:35:14
• 作成済みの旗艦を艦隊に編成するにはどうすればいいんでしょうか？ -- 2020-03-17 (火) 20:36:04
• 通常通り艦隊を編成し、艦隊出陣命令画面まで進むと旗艦オプションという枠があり、そこで同伴させたい旗艦を選択すると一緒に出撃してくれます。 -- 2020-03-18 (水) 04:53:00