【未完の神獣のほこら】

ジョーカー3プロ

本作で追加されたダンジョン。神獣のほこらになる予定の場所だったが、マザーの暴走の影響により、不完全な状態のほこらになってしまった。
本編で旅した6つの大陸に１つずつ存在し、二本の石柱の間の四角の窪みをラー機能で見破ることによって入ることができる。
中に入れるのはマデュラージャと和解した後になる。

【焦熱の火山】のほこらには【スライダークロボ】が置いてあり、他のほこらで【ダークチップ】を集めることにより、修理することができる。

この他、【グランエスターク】の起動のために、指定された【超ギガボディ】のモンスターを連れてくるために何度か立ち寄ることになる。

【歓楽の霊道】のほこらは、【ミミック】【パンドラボックス】だけがおり、上手く利用すれば大量の【ちいさなメダル】が手に入る。
【グレイブディガー】や【おにこんぼう】、【ほねリーダー】、【暗黒の魔人】など配合が面倒なモンスターも生息しているので図鑑埋めにも役立つ。