ストーリー

これまでのお話

メトロイド?を消すために惑星SR388?へ。
クイーンメトロイド?を倒す。
その時にベビーメトロイド?が孵化。
メトロイドの赤ん坊は初めて見たサムスを母親と思い込む。
平和利用のため、ベビーメトロイド?を銀河連邦へ持ち帰る。
研究中に襲撃されマザーブレイン?が率いるスペースパイレーツ?にさらわれる。

ベビーメトロイド?を取り返すため、要塞惑星ゼーベス?へ。
マザーブレイン?との戦闘で瀕死に。
しかし、ベビーメトロイド?が身代わりになることで助かる。
惑星ゼーベス?ごとマザーブレイン?、スペースパイレーツ?、メトロイド?をこの世から消し去る。

今作のお話

導入部分

スターシップ?での航行中に救難信号をキャッチ。
通称はBaby's Cry?。
進路を変更する。