ある日、少年は不思議な事件に巻き込まれる。
少年の父親が突然目の前から謎の異空間へとさらわれてしまったのだ。
呆然とする少年の前に現れたのは、
2人のマンガキャラクター、金田一はじめと江戸川コナンだった。
少年は2人から「マンガ界」の現状と、
父親がそこに捕らわれていることを知らされる。
少年は父親を救うため、
2人から託された「ホワイトコミック」を手に、マンガ界へと乗り込んでいく。
マンガキャラクターと共に、マンガ界を支配する6人のエリアマスターとマンガ王を倒し、
父親を救うことができるのか?