JHR本部
東京・汐留に位置するJHRの拠点。
旧新橋停車場地下に車両基地を有し、ヒカリアン達が発着する。
過去の本部は飛行機能を有していたが、今作では固定基地となっており、各地に支部を設けることで、本部を補完するようにしている。
八王子出張所
L0リニアや京王電鉄車両(井の頭兄弟除く)が所属する出張所。なお、中央線経由で他のヒカリアンが来ることも?
秋葉原出張所
JHRは200X年のシルバーエクスプレスとの戦いの時期、秋葉原を本部としていた。
同時期、つくばエクスプレス秋葉原駅を建設、また、上野駅からの留置線を地下化して、TX秋葉原駅に横付けする形で線路が建設されていた。
地上は新幹線の線路から分岐させてヒカリアンを迎え入れていた。
戦闘終了後、JHRは事業縮小に伴い本部を解体、一度解散となってヒカリアンの一部は鉄道会社各社に転職して残る形となった。
そして、留置線は一部が上野東京ラインとなった。
しかし、今回の戦いでヒカリアンを迎え入れることとなり、新橋だけでは収容力に問題があったために急遽地下留置線をベースに秋葉原出張所が建設された。