特殊エリア

電子海での島地形には、普通の島の系統とは別種の方向の開発もありうる。
例外的に特殊な効果を担っている島々で、必ずしも自由に設置・開発できるわけではない。

転移塔・林像・小島・海洋博物館

狭義の特殊海域。未開拓の海では、海面が広い範囲にキラキラしていて普通の海域と区別できる。*1
座標によって種類が決まっており、その場所では特定の特殊な島系列しか作れない。海域が荒れても特殊海域であり続ける。
ワープ地点であったり、特別なイベントクエストの場であったりする。

漁場・菜園

島の持ち主がアイテムを養殖・栽培するための拠点。漁場は魚釣り、菜園は探索と連携する。
どこにでも作れる。島主以外には、利用できる施設としてのメリットはあまりない。*2

ジオラマ

1/1島の模型。効果らしい効果はほとんどない。どこにでも作れる。

特殊油田・深い海

後期バージョンでの追加の特殊海域。作れる座標は決まっているが、その場所をあらかじめ知ることはできない。それぞれ、燃料補給(高速航行)と魚釣りを支援する場所。