第3新東京市（Tokyo-3）

表向きは「第二次遷都計画に基づき、将来の首都として建設されている都市」という名目の元に建設されているが、実態はNERV本部を狙って襲来する使徒の迎撃のための対使徒迎撃要塞都市。芦ノ湖北岸に位置する。偽装されたミサイルサイロやエヴァンゲリオンの武器、電源コードを収納した兵装ビルなどがエヴァンゲリオンの戦闘をサポートする。地下にはジオフロントが広がっており、高層ビルを収容することが可能。