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AD2005年アラスカ・フォックス諸島沖の孤島、シャドーモセス島に於いて、ハイテク特殊部隊「FOXHOUND」と彼等率いる次世代特殊部隊が突如として蜂起、同島の核兵器廃棄所を占拠した。彼等は「ビッグボスの息子達」を名乗り、米政府に対して10億ドルとビッグボスの遺体の引き渡しを要求。それが24時間以内に受け入れられない場合、核を発射すると通告した。
政府は、元FOXHOUND司令官ロイ・キャンベル退役大佐をこの鎮圧作戦の司令官として招集。それに従い、キャンベルは元FOXHOUND隊員ソリッド・スネークを呼び戻した。スネークに依頼された任務は二つ。核兵器廃棄所に単身潜入し、人質として囚われた国防省付属機関先進研究局、通称DARPAの局長ドナルド・アンダーソンとアームズ・テック社社長のケネス・ベイカーの2名を救出。そして、テロリストの核発射能力の有無を調査し、事実ならばそれを阻止する事。伝えられた任務内容にきな臭いものを感じつつも、スネークは渋々任務を承諾する。アラスカ上空では強烈なブリザードが吹き荒れる為、パラシュートでの降下は不可能。潜水艦で廃棄所付近まで接近した後、小型潜水艇（SDV）を射出。島に最接近した所で潜水艇を破棄し、後は泳ぎで島に上陸する。スネークはいつものように単独でのスニーキング・ミッション（潜入任務）を開始する―。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Wikipedeaから引用

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