ACT.1
- ゲーム開始後、初めて操作できる場面で動かずに放置しているとオタコンから移動するように通信が入る。
さらに放置し続けると、再び通信が入りスネークが勝手に動いてストーリーが進む。
- 銅像の股間を何度か隠すとある物が取れる。
- リキッドのキャンプ直前で遠くに見える2機のヘリはスティンガーで撃ち落せる。
ACT.2
- 邸宅内で、南側真ん中扉から入る部屋でアダムとイブの絵画を撃つと、後ろに南明奈のポスターが出現する。
- 身体検査を受ける直前のムービーでスネークがタバコを落として拾う時、L1を押すとナオミのスカートの中が・・・
- ナオミを追跡するところで草が倒れてるところを通過するとMGS2のバグ大佐の声が聞ける。
- ナオミを追跡するミッション、橋を超えて進んでいった先、足跡が分かれているところで一つだけ足跡が手跡になっている道があり、それを辿っていくと、コジマ監督含む製作スタッフの手形の石碑がある。
手形の石碑の上でオクトカムを使うと手形の迷彩になる。
- ナオミを追跡するミッションの小屋手前にある視力確認表に、「メタルギアソリッドフォー」と書かれている。
- ナオミ追跡時ヘリコプターの音がし始めたところ当たりで、あまりに違う方向ばかり行くと、「スネーク違うわ」とナオミの声がしてくる。
ACT.3
- レジスタンス追跡時、レジスタンスが途中銅像のあるあたりで立ちションを始める。
- レジスタンスを尾行中後ろを振り返ると白い影が見える。
- 尾行時BBの覆面をかぶってレジスタンスに見つかると、レジスタンスに一目惚れされ言い寄ってくる。
- ビッグママとのムービー中に隠しL1がある。
ACT.4
- シャドーモセス島ではMGS1と同じくカメラで心霊写真が取れるポイントがある。P心霊写真PHOTOALBUMで除霊することが可能。
- MK23を構えるとスネークが「おお~懐かしい~」と言う
- シャドーモセス島の電気床は配電盤(リモコンミサイルで壊したところ)にMk.Ⅲで電気を流せば痺れる。配電盤のほうを調べているとオタコンからそれについての話がある。これで月光が倒せる。
しかもボーナスポイントでDP5000+
- ウルフ戦後のオオカミを攻撃すると、仲間のオオカミに仕返しされる、その後オタコンに無線しても無視される。
- 雷電とヴァンプが戦っている場面で雷電かヴァンプを撃とうとすると「俺には撃てない」「雷電に当たる」等という。
ACT.5
- メイリンと話している船員の声は小島秀夫。
- マンティス戦の時にメリルの前をうろついてると抱きつかれ、色々と喋る。結構エロいw
- マンティスを倒した後、ザ・ソローが喋ってるときにL1を押すとザ・ソローが上からスネークを見ている。
- サイコマンティスの隠しフラッシュバック
サイコマンティスが爆発するときに隠しフラッシュバックが見れます。
- リキッド・オセロット戦で体力ゲージが歴代MGSの表示になる。また、体力ゲージの名前が途中でネイキッドスネークとオセロットに変わる。
ミッションブリーフィング
- 各ミッションブリーフィングで、メインモニター前の机にあるリモコンをMk.II又はMk.IIIで操作すると南明奈の映像がモニターに流れる。
キャンベルが登場しても映りっぱなし。
- ノーマッド機内で飼っている鶏の名前はソリッドとリキッドとソリダス(ケージにネームプレート的なものが付いている)
- ブリーフィング画面の二階にMk.Ⅱでいくとテレビにヒデオ(HIDEO 02)と書かれている。
- サニーがミッションブリーフィング中に、PSPでやっているゲームは小島秀夫初監督作品「夢大陸アドベンチャー」
- 2階のテーブルの上にあるラジオを操作すると音楽が聴ける。またチャンネルを替えるとヒデちゃんラジオが聴ける。
BB
- ビューティーとの戦いで中の人が出てきてから3分後、白い世界に飛んで、カメラをビューティーに向けるとポーズをとるその間攻撃はしてこない。
- iPodでおいしいツーハン生活を流すと踊る。
その他
- iPodでおいしいツーハン生活を聞きながらスタートボタンを押すとサニーが踊っている。
- 民兵にレーション、カップ麺などをあげるとそれでしか手に入らないと思われる音楽ファイルなどゲットできる。
- カエル部隊をホールドアップしてボディチェックして急所を触ると「エロオヤジ!」等と言われ(女なので)蹴られる。
- 一箇所で100人殺害すると「殺戮を楽しんでいるんだよ、貴様は」とリキッドっぽい声が響き、スネークが嘔吐する。
- 武器の安売り
水曜と日曜は20%オフになります。PS3の日付けを変え・・・
アウターヘイブン突入の際は半額セールになります。
- 深夜プレイ中にインストールをしていると『もう○時すぎですそろそろ休憩はいかがですか?』というような案内が出る。
- ジャベリンは実は飛んでいく方向を発射してから修正できる。リモコンミサイルみたいに動かせる。