※ネタバレ有り
【ネイキッド・スネーク(BIGBOSS)】
初期のプレイヤーキャラクター。
THEBOSSの弟子。今作で「ネイキッド」と呼ばれることはない。
【カズヒラ・ミラー】
【パス】
【ラモン・ガルベス】
大学の教授に偽装しているKGBのエージェント。
右手は赤い義手でライターが指に仕込んである。
手首から上をロケット弾として発射することも可能。
【ヒューイ】
足が不自由なため車椅子を使っている研究員。
オタコン(ハル・エメリッヒ)・エマ・エメリッヒの父親。
【ストレンジラブ】
ママルポッドの研究をしている研究員。同性愛者。
オタコン(ハル・エメリッヒ)・エマ・エメリッヒの母親。