車両詳細タブの下部には売却・合成のボタンがあり、不要な車両は売却して資金に変えることが可能。
合成では、不要な車両を合成することでベース車両のレベルを上げて定員を増やすことが可能(特定レベル(約半数)を越えると本物ではあり得ない定員になる)。
合成素材はどんな車両でも可能で1編成につきレベルを必ず1上げられる(但し、どんなに低レベルの車輌に高レベルの車輌を合成しても1レベルUPにしかならない、合算不可能)。
合成にかかる費用は現在のレベル×100ポイント。キャンセルボタンを押すと改造モードを終了する。
なお、素材を選択した際にEnterを押すと改造実行、Shiftを押すと改造キャンセルとなる(自分の思い通りのレベルにしたい場合はレベル行き過ぎに注意)。
改造可能レベル
| 種別 | 両数 | 最大レベル |
| セントラルライナー | 6 | 999 |
| セントラルライナー | 3 | 999 |
| 新快速 | 6 | 999 |
| 快速 | 6 | 999 |
| 快速 | 4 | 800 |
| ワンマン快速 | 2 | 400 |
| ワンマン区間快速 | 2 | 400 |
| 普通 | 4 | 400 |
| 普通 | 3 | 400 |
| 普通 | 2 | 400 |
| ワンマン普通 | 2 | 400 |
| シャトル | 2 | 400 |