西暦2016年。
現代社会では、正体不明のコンピュータウイルス・バグスターがあらゆる人々を蝕む怪奇事件が発生していた。
これを受けた日本政府は、聖都大学附属病院に電脳救命センター（CR）を設置し、バグスターを倒すための戦士・仮面ライダーに変身できる「適合者」である医師を病院に招集し始めた。
CRのエージェントである仮野明日那は、仮面ライダーの1人である仮面ライダーエグゼイドの適合者となる天才ゲーマー「M」を探すが中々見つからない。
そんな折、研修医の青年・宝生永夢が受け持つ患者の少年がバグスターに感染していることが判明し、明日那と永夢の目の前で怪物に変身してしまう。
意を決した永夢は、明日那が持っていたゲーマドライバーを使ってエグゼイドに変身するとともに、自らが「M」であると名乗り、バグスターを倒す。
その直後、院長の鏡灰馬の息子であり天才外科医で、仮面ライダーブレイブの適合者でもある鏡飛彩がCRに到着。
バグスターの駆除だけが完了すれば患者の心情はどうでも良いとする彼は、患者の心と身体の両方を治そうとする永夢と対立し、永夢は飛彩への対抗心からCRのドクターになることを決める。
仮面ライダーの変身者
- 宝生永夢? / 仮面ライダーエグゼイド?
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「ノーコンティニューでクリアしてやるぜ！」
主人公。聖都大学附属病院の小児科に勤務している駆け出しの研修医でテレビゲームの達人。
普段は患者に明るく接する好青年だが、天才ゲーマー「M」の異名を持っており、ゲームを始めると人格が変わる。
自身が担当医を務めていた患者である少年がバグスターウイルスに感染したため、明日那が持っていたゲーマドライバーを勝手に使用しエグゼイドとなる。
- 鏡飛彩? / 仮面ライダーブレイブ?
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「これよりバグスター切除手術を開始する。」
聖都大学附属病院に勤務する外科医。
日本国外の大学を飛び級で卒業した天才外科医で「失敗しない外科医」と呼ばれている。
CR所属の心臓血管外科医としてバグスターと戦うことになる。
- 花家大我? / 仮面ライダースナイプ?
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「ミッション開始！」
医師免許を剥奪された闇ドクター。
元は聖都大学附属病院に勤務していた放射線科の医師で、5年前にCRに所属し仮面ライダーとして戦っていた。
医師免許を剥奪されており、ゲーマドライバーとガシャットを没収され仮面ライダーとして戦うことも禁じられた。
しかし黎斗に「新作ゲームの開発費」と称した大金を支払って取引をし、ゲーマドライバーとガシャットを入手する。
- 九条貴利矢? / 仮面ライダーレーザー?
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「ウィニングランを決めるぞ！」
監察医務院に所属する監察医。
CRのライダー達の様子を伺っているなど食えない人物であり、目的のためなら平気で嘘をつくことさえある。
- 壇黎斗? / 仮面ライダーゲンム?
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仮面ライダーシステムを開発したゲーム会社、幻夢コーポレーションのCEO。
表向きには仮面ライダー達の戦いをサポートしているが、その一方バグスター殲滅以外に何らかの思惑がある。
その正体は仮面ライダーゲンムの変身者であり、バグスターのパラドやグラファイトと結託していた。
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仮面ライダーの関係者
- 仮野明日那? / ポッピーピポパポ?
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ヒロイン。衛生省のエージェント兼看護師。
しかし正体は、劇中の音楽ゲーム「ドレミファビート」のキャラである"ポッピーピポパポ"。
明日那の時はキャリアウーマン風であるが、ポッピーピポパポの時はお気楽で明るい性格（こちらが素の性格）。
CRのライダー達をサポートする。
- 鏡灰馬?
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聖都大学附属病院の病院長であり、飛彩の父。
CR の責任者も兼任している。
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