ストーリー

惑星エーテルでの事件から6ヶ月が過ぎたころ、銀河連邦に深刻な事態が発生していた。

銀河連邦のネットワークコンピュータである"オーロラユニット"たちが、ウィルスのようなものに感染していることがわかった。
ネットワークをシャットダウンし、原因を調査した結果、ある事件が発端であることが判明する。
4ヶ月ほど前、銀河連邦戦艦ヴァルハラが、スペースパイレーツの襲撃を受けて行方不明になり、ヴァルハラに搭載されていたオーロラユニット313が奪われる事件が発生した。このオーロラユニットからウィルスが発信され、次々にほかのオーロラユニットに感染していったのだ。

一刻も早くネットワークを復旧するため、連邦政府はバウンティ・ハンターたちを銀河連邦の旗艦オリンパスに緊急招集をする。
状況説明中、連邦は恐れていたスペースパイレーツの強襲を受ける。標的となった連邦基地を防衛すべく、惑星ノリオンに向かったサムスとハンターたちは、リバイアサンと呼ばれる巨大な隕石のような物体が惑星に迫っていることを知る。
リバイアサンが激突すれば、ノリオンは壊滅してしまう。
危機を回避するためにパイレーツによって停止された連邦の防衛装置を復帰させようと戦い続けるサムスたち。
そして、その前に立ちはだかったのは、かつて惑星エーテルで、サムス自身が倒したはずのダークサムスだった……