ドリームウイルス
担当声優：なし(SEのみ)
【特徴】
エグゼシリーズのボス
HPが僅か1000なので、初心者でも倒せるボス
【▼ドリームウイルスの技▼】
ドリームオーラ
【チャージ中のみ使用して、攻撃力をアップさせる。】
レーザー
【障害物を貫通するレーザーを横一列に放つ。】
ソード
【最前列中央に球体から棒が伸びた謎の物体が出現し、時計の針みたいに動かして薙ぎ払う。】
メテオ
【体力が半分以下になると使用して、相手にメテオを落とす。】
ドリームウイルスR
担当声優：なし(SEのみ)
【特徴】
元WWWの幹部である｢教授｣により作成された新たなドリームウイルス。
【▼ドリームウイルスRの技▼】
ヒートブレス
【額の角から前方1直線に炎を発射する。】
アクアタワー
【アクアタワーで攻撃する。】
サンダーボルト
【相手目掛けて3連続で雷を落とす。】
ウッディタワー
【ウッディタワーを生やして攻撃する。】
レーザー
【障害物を貫通するレーザーを横一列に放つ。】
ストーンマン.EXE
担当声優： 石川ひろあき
「・・・」
【特徴】
固い能力を持つボスキャラクター
バスター系の必殺技が、当たりにくい
【ストーンマン.EXEの技】
落石
【プレイヤー側のランダムな位置に岩を降らせる。】
ストーンキューブ召喚
【ストーンキューブで移動や攻撃を邪魔する。】
グラビティマン.EXE
担当声優：下山吉光
「ロックマン、倒ス」
【特徴】
バスター系の攻撃が当たらないボス
弱点の頭を攻撃する事で、攻撃が当たる
【グラビティマンの技】
グラビティドライブ
【相手の動きを重くして、動けなくする。】
グラビティホールド
【黒いエネルギーの重力波を飛ばして、重くする。】
ゴスペル
担当声優：なし
【特徴】
バグの融合体で、かなり手強い
ブレイク性能のある攻撃で頭を狙わなければならない。
【▼ゴスペルの技▼】
ダイナウェーブ
【必ず最初に使う技。 バトルチップのものと性能は同じ。HPに余裕がある時に多用する。】
ゴスペルショックパワー
【追尾機能付きの衝撃波攻撃。】
ドリリングヘッド
【頭をドリルに変形させてまっすぐ飛ばす。 】
ダークネスクリエイター
【エアシュート、クイックブーメラン、 サプライズチョッキンの3つを繰り出す。】
ブレスオブゴスペル
【口から放射ブレスを発射する。】
フレイムマン.EXE
担当声優：長嶝高士
「ヴォオオオオオオオオオオオ！！！」
【特徴】
アニメ未登場のネットナビ
本作ではネビュラ配下のダークロイドとして登場
【▼フレイムマン.EXEの技▼】
ファイアブレス
【前方一直線に火柱を噴き上げて攻撃する。】
ロウソク
【2本のロウソクが設置してあり、常に下記の3色の炎がランダムで灯つる。消す事が可能】
プロト
担当声優：なし
【特徴】
テトラコードの力を持つアニメ未登場のボス
弱点は、赤いエネルギーコア
【▼プロトの技▼】
デビルハンド
【巨大な爪で敵を連続で切り裂く。】
リバースバルカン
【両肩から銃口が現れ、相手に直接バルカン砲を連射する。】
レッドアイズデリート
【プロトの目がエネルギーチャージをした後最前列中央マスにレーザーを放ち、そこから横向きT字型に衝撃波を発生させる攻撃。】
プロトアームΩ
【プロトの膜がブレイク性能のある大型ロケットに変形し、一直線に飛ばしてくる。ステージ外まで到達すると大爆発が起こる。】
プロトアームΣ
【プロトの膜が電極に変形し、「横一列に電撃」と「上下の列に枝分かれする電撃」を10回分繰り返して放つ。】
CFレーザーマン
担当声優：中田和宏
「愚かな夢を見たのが、間違いだ・・・」
【特徴】
Dr.リーガルが5枚のダークシンクロチップを使い、レーザーマンとクロスフュージョンした姿。
【CFレーザーマンの技】
クロスレーザー
【十字に広がる黄色いレーザーを目から発射する。 】
パワーダウンレーザー
【掌から高威力の青い貫通レーザーを発射する。】
スターブレイクレーザー
【背中のジェネレーターから赤い極太レーザーを上空に発射する。】
ダークレーザー
【クロスレーザーと同じ構えで画面を暗転させ、紫のレーザーを照射する。】
エリアスチール
【広範囲に移動してくる。】
デューオ
担当声優：乃村健次
「全ての悪に滅びを！！」
【特徴】
強い技を使うボスキャラクター
弱点は胸部の核だが、デストロイレーザー使用中はダメージを与えられない、厄介なボス。
【デューオの技】
デューオミサイル
【直線を飛ぶミサイルを時間差で2～3発ずつ発射する。
デューオ技のなかでは最も威力が低い。】
デューオユラ
【上下に揺れながら進む機雷を発射する。
発射された直後に他の技で破壊されることが多い】
ジャスティスフィスト
【ファイターのいる配置に範囲を攻撃する巨大な拳を落とす。
HPが減ると2連続で使用する。】
ネビュラグレイ
担当声優：中田和宏
「白キ魂ヲ持ツ者ハ許サヌ・・・」
【特徴】
バトルにおいては闇の炎(無属性)やロックマンDSを召喚してのダークチップ攻撃などを行う。
【ネビュラグレイの技】
ブラックプロミネンス
【相手の前か後ろに出現しプレイヤーのいるフィールドに襲い掛かる。】
グレイブファイア
【ネビュラグレイの口から吐き出される、追尾性能を持つ無属性の闇の炎。】
ヘルフレイムサーペント
【ネビュラグレイが首長龍の姿に変形し、フィールドに襲い掛かる。】
サウザンドデスハンド
【HPが半分以下になると使用してくる、12発分の腕を飛ばしてくる攻撃。】
ゾアノプラントマン
担当声優：吉野裕行
「ゾアノをつけたまえ、我々ゾアノロイドを呼び捨てとは、不愉快！」
【特徴】
通常のプラントマンと同じ技を使うボス
獣化すると、更に防御力をアップさせる。
【▼ゾアノプラントマンの技▼】
ローズニードル
【薔薇から、棘を発射する。】
リーフバリア
【巨大な葉っぱで、攻撃を防いでくる。】
プラントウィード
【地面にトゲ付きのツタを生やして相手を捕らえる。】
スーパーローズニードル
【二本のプラントウィップを束ねてドリル状にして攻撃する。】
獣化
【獣化して、能力を強化する。】
ゾアノスパークマン
ゾアノパンク
ゾアノファラオマン
ゾアノダークマン
ゾアノフレイムマン
ゾアノガッツマン
担当声優：下山吉光
「」
【特徴】
ガッツマンと似た技を使用してくるボス
獣化すると、攻撃力が全てパワーアップしてくる。
【ゾアノガッツマンの技】
ガッツパンチ
【強力なパンチで相手を吹き飛ばす。】
獣化
【全ての性能を上げて、獣化する。】
ゾアノジャンクマン
ゾアノスネークマン
担当声優：中尾隆聖
ゾアノヤマトマン
担当声優：山口太郎
ゾアノカーネル
担当声優：安元洋貴
「俺はグレイガ軍の戦士、ゾアノカーネルだ。」
【特徴】
獣化因子を埋め込まれたカーネルが、ゾアノロイドとなった姿。
獣化状態になると、移動速度が素早くなる。
【ゾアノカーネルの技】
クラッシュキャノン
【相手を砲撃して、狙い撃つ。】
スクリーンディバイド
【脅威の衝撃波を飛ばす。】
ゾアノ兵
【ゾアノロイドの戦闘員を召喚する。】
獣化
【獣化して、必殺技をパワーアップさせる。】
電脳獣グレイガ
担当声優：なし
【特徴】
破壊する牙を持つのが特徴なボス
【グレイガの技】
バーニングブレス
【雄叫びを上げながら炎属性の火炎を吐く。】
ライトニングブレス
【首元に電気を纏って雄叫びを上げなが、電気属性のブレス(光線)を吐く。】
ガトリングテイル
【尻尾から弾丸を撒き散らす。】
グレイガクロー
【鋭い爪で引き裂く。】
ビーストアウトインパクト
【爪で2回切り裂き、最後に牙で噛みつく。】
電脳獣ファルザー
担当声優：なし
【特徴】
斬り裂く翼を持つのが特徴なボス
【ファルザーの技】
ソニックウェーブ
【口から竜巻を発生させる。】
ファイアバードブレス
【小さな火の鳥を連射して攻撃する。】
ストライクフェザー
【突風を発生させつつ、連続で羽手裏剣を発射してくる。】
クロウショット
【鋭い爪で連続攻撃を放つ。】
ビーストハリケーン
【竜巻を纏いながら相手目掛けて突撃する。】
超電脳獣グレイザー
担当声優：なし
【特徴】
ファルザーに勝利したグレイガが融合した姿。
グレイガとファルザーの力を合わせ持つボス
【グレイザーの技】
ビーストブレス
【口から破壊光線を放つ。】
ストライクフェザー
【突風を発生させつつ、連続で羽手裏剣を発射してくる。】
ガトリングテイル
【尻尾から弾丸を撒き散らす。】
グレイザークロー
【鋭い爪で引き裂く。】
ビーストアウトインパクト
【爪で2回切り裂き、最後に牙で噛みつく。】
ビーストハリケーン
【赤い竜巻を纏いながら相手目掛けて突撃する。】
ゼロワン.EXE
担当声優：渋谷茂
「オオオ・・・・・・」
【特徴】
教授が自分を見限ったゼロや計画を邪魔したネット警察への復讐として造られた感情を一切持たないゼロの強化型。
【ゼロワンの技】
ゼットセイバー
【ゼットセイバーから斬撃を放つ。】
デンジンセイバー
【電気を纏ったゼットセイバーでジャンプ切り上げる。】
ミカヅキセイバー
【デンジンセイバーでのジャンプ後、回転しながらゼットセイバーを振り回す。】
ファントムゼロ
【ゼットセイバーから全画面範囲の斬撃を放つ。】
キャッシュ
担当声優：山崎たくみ
「貴様らは、私のデータだ・・・！」
【特徴】
自分の位置を特定できないようにジャミングマンを使って妨害電波を流しつつ、世界各国にファントムナビをばら撒き悪事を働かせてナビとオペレーターを離れ離れにするという事態を引き起こした。
【▼キャッシュの技▼】
ファントムナビ召喚
【ランダムで登場させて、攻撃させる。】
ジャミングマン
【妨害電波型のナビを召喚する。】
トロイ
担当声優：なし
【特徴】
元々は3,000年前に栄えたネットワーク文明の一つ「アトランピア文明」(モデルはアトランティスと古代ギリシャ)でDr.トロイによって作り出されたネットワーク兵器であり、
隣国との戦争での切り札となった。しかし、アトランピアは自国の管理プログラムの暴走に伴う自然災害の影響で滅び去ってしまった。
【▼トロイの技▼】
オリジナルトロイ
担当声優：なし
【特徴】
トロイモクバのオリジナル。
【▼オリジナルトロイの技▼】
クロックマン.EXE
担当声優：小林親弘
「ジ～～ニスト！」
【特徴】
『ロックマンエグゼOSS』に登場したオリジナルネットナビ。
本作では時間を操作する能力を持つダークロイドとして登場。
【▼クロックマンの技▼】
クロックスライサー
【本体が時計の針をブーメランのようにして放つ攻撃。横1列をゆっくり進み、連続で放ってくる。】
クロックレーザー
【時計の針が3時を指すと貫通するレーザーを放つ。】
コーリングクリムゾン
【時計の針が6時を指すとクロックマンも背後からクリムゾン・ドラゴンの頭が3頭出現し、「デビルファング」で噛みついてくる。】
コーリングブライ
【時計の針が9時を指すとブライが現れ、ブライソードで斬る。】
メガクロックレーザー
【時計の針が12時を指すと極太貫通レーザーを時計が放つ。】
バグライザー
担当声優：佐々木誠二
「もはや見るだけでは足りぬ！！」
【特徴】
ネットバトル実験システムのバトルチップスタジアムにて、観衆プログラムに破壊本能が宿った事で生まれた戦闘バグ起動体。
本作ではフォルテと同期の戦闘バグ融合体として登場。
【▼バグライザーの技▼】
バグライズソード
【大剣で攻撃する。】
バグライズサンダー
【紫色の巨大なサンダーボールで攻撃する。】