人類補完計画

本作品における最大の謎として提示される計画。その全貌は、云わば人間がEVAを用いて自ら起こしたサードインパクトであった。
EVAシリーズに搭載されたS2機関同士を共鳴させることで、リリスの卵とも呼ばれる黒き月を発現させた後、依り代となる初号機から発せられるアンチA.T.フィールド(シンジのデストルドー反応)を全世界規模にまで拡大することで、個体生命が各々持つA.T.フィールドを消滅させ、全ての人類を生命の源たる黒き月に還元し、不完全な群体生物から完全な単体生物へと人工進化させる。しかし最後段階でシンジのリビドーが復活し、黒き月は崩壊。人類補完計画は中途半端な結果に終わった。
ただ、これはSEELEによる人類補完計画であり、碇ゲンドウ・冬月コウゾウらは黒き月に還る形では無く、アダムとリリスの融合による別の補完計画を行おうとしていたと推測される。こちらは最終的にリリスのコアである綾波レイの離反によって失敗した。
名前の由来はコードウェイナー・スミスの『人類補完機構シリーズ』より。