MAGI（マギ）

NERV本部施設の運用やEVAシリーズのサポート、第3新東京市の市政に利用されている、スーパーコンピュータシステム。
MELCHIOR-1、BALTHASAR-2、CASPER-3という3つの独立したシステムによる合議制をとり、人間の持つジレンマを再現している。
MAGIのハッキング等による乗っ取りは本部の乗っ取りと同義である。また第拾参話劇中で「前まで一週間かかったような作業をもうすぐ終わらせようとしている」と取れる趣旨の発言もあり、その高性能さを垣間見ることができる。
MAGIシステム自体は赤木ナオコ博士によって開発された人格移植OSの第1号でもあり、それぞれに自身の科学者、母親、女としての思考パターンが移植されている。
思考パターンはMELCHIORが科学者、BALTHASARが母親、CASPERが女となっている。
第3新東京市のオリジナル以外に少なくとも、松代(日本)、マサチューセッツ(米国)、北京（中国）、ベルリン(ドイツ)、ハンブルク(ドイツ)にも同様のコンピュータシステムがある。
名称の由来はイエス・キリスト誕生の際現れた東方より来たりし3賢者（マギ）から。
ちなみに産業技術総合研究所生命情報科学研究センターにMagi systemと呼ばれる、Casper、Balthazar、Mary、Melchiorと名付けられた4つのシステムから構成される実在の大規模PCクラスタがあるが、本作のMAGIとの関連性は不明。