Incognitaはさまざまなプログラムを装備することができる
プログラムの所持上限は5
シナリオ開始時にPWR獲得系とハッキング系のプログラムを1つづつ、初期装備として得られる
初期装備
| アイコン | 名称 | PWR | CD | 効果 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
 | Power Drip | - | - | 毎ターン+1PWR | パッシブ |
 | Fusion | 5PWR | 4 | 発動することで次のターン開始時から3PWRx4ターン（合計12PWR）を得る | 5PWR以下になると使用不能 |
 | Seed | - | - | 毎ターン最初のプログラムのコストが-4PWR | PWRは得られない |
 | Faust | - | - | 毎ターン+2PWR | PWR獲得量は多いがデメリットとして20%の確立でデーモンがインストールされる |
 | Dynamo | - | - | Alarm Level2以降に毎ターン+2PWR | Alarm Levelが0～1のうちはPWRを得られないので 初期PWRやコンソールからのPWRでやりくりする必要がある |
| アイコン | 名称 | PWR | CD | 効果 | 備考 |
 | Lockpick 1.0 | 2PWR | - | 2PWRで1Firewallを破る | 300CR |
 | Parasite | 0～ | - | 一度感染させるとFirewallを毎ターン1づつ破っていく PWRコストは0だが、同時に活動中のParasiteの数だけPWRコストが+1されていく | |
 | Rapier | （現在のアラームレベル）+1PWR | - | アラームレベルが上がるごとにコストも増える | |
 | Brimstone | 3PWR | - | 3PWRで1Firewallを破る | PWRコストは大きいが、デーモンを受けた場合10%の確率で良い効果へと反転させる 450CR |
 | Mercenary | 0 | - | 2PWRで2Firewallを破る | 使う度に+2PWRされていくがアラームレベルが1段階上がる毎にリセットされる |
※ CD：cooldown の略
購入
| アイコン | 名称 | PWR | CD | 価格 | 効果 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|---|
 | Abacus | 0PWR | 400CR | 任務開始時の初期電力量が4増加する | ||
| &ref(): File not found: "Abacus20.jpg" at page "Incognita Programs"; | Abacus V2.0 | 0PWR | ?CR | 任務開始時の初期電力量が6増加する | ||
 | Charge | 0PWR | - | 900CR | 全てのプログラムのPWRコストが-2、CDが+1される | 装備中のプログラムが1ターンに1度ずつしか実行できなくなる |
 | Daemon Sniffer | 0PWR | 350CR | 使用すると隠されたDaemonを発見し識別する | ||
 | Dagger | 1PWR | 5 | 450CR | 3Firewallを破る | コストパフォーマンスに優れるがCDがやや長い |
 | Dagger V2.0 | 3PWR | 4 | 650CR | 5Firewallを破る | コストパフォーマンスに優れるがCDがやや長い |
 | Data Blast | 3PWR | - | 400CR | 5タイル内の発見済みデバイス全てのFirewallを1破る | 範囲内に2箇所以上の標的を入れるとPWRが効率的 |
 | Emergency Reserve | 0 | 3 | 300CR | ターン開始時にPWRが3以下の場合5PWRを得る | |
 | FLARE | 0 | 3 | 450CR | 4Firewall以下のデバイスを破る 他の全デバイスのFirewall+1 | |
 | Hammer | 5PWR | 3 | 600CR | 5Firewallを破る | |
 | Hunter | 5PWR | 3 | 500CR | Daemonを取り除く | Taurusでも代用可 |
 | Leash | 0 | - | 500CR | ドローンをコントロールできる時間が延びる ※パッシブ | |
 | Lockpick V1.0 | 2PWR | - | 300CR | 2PWRで1Firewallを破る | |
 | Lockpick V2.0 | 3PWR | - | 700CR | 3PWRで2Firewallを破る | |
 | Oracle | 4PWR | - | 500CR | ランダムなセキュリティカメラのコントロールを得る | CD無し |
 | Parasite V2.0 | 2PWR | - | 500CR | 一度感染させるとFirewallを毎ターン2づつ破る | 同時に活動中のParasiteの数だけPWRコストが+1されていく |
 | Ping | 1PWR | 4 | 450CR | ポイント指定で範囲ノイズを発生させセキュリティを誘導することができる | コストも軽く、ガードの誘導や警戒位置の上書きなど様々な場面で活用できる． |
 | Rogue | 2PWR | 2 | 300CR | まだ見つけていない金庫を表示する | 残りの金庫があるかわかるので便利 |
 | Root | 0PWR | 6 | 300CR | 発動時PWR+6、クールダウン中毎ターンPWR-1 | |
 | Shade | 1PWR | ? | ? | セキュリティガードの視界を短くする | |
 | Taurus | 2PWR | - | 400CR | 指定したデーモンをランダムなデバイスへ移動させる | デーモンの無い未ハッキングの移動先が必要 |
 | Wildfire | 0PWR | - | 400CR | 5PWRを得るが、全てのFirewallが+1される | |
 | Wings | 1PWR | 2 | 500CR | 全エージェントのAP+2 | |
 | Wisp | 3PWR | ? | 300CR | 見えているセキュリティ全員にタグをつける タグが付いたセキュリティは移動経路が表示される | |
 | Wrench 2 | 2PWR | - | 600CR | 強度2のFirewallを破る | ちょうど2枚でなければ使用できない |
| Wrench 3 | 3PWR | - | 600CR | 強度3のFirewallを破る | ちょうど3枚でなければ使用できない |
| Wrench 4 | 4PWR | - | 600CR | 強度4のFirewallを破る | ちょうど4枚でなければ使用できない |
 | Lightning | 8PWR | - | 800CR | タグが付いているセキュリティガードを1人，2ターンの間スタンさせる | Wisp,T.A.G. Pistolなどによって予めタグをつける必要がある． このプログラムによってスタンされたガードのタグは取り除かれる． |