ソラ
ジミニーメモに記された謎のメッセージを解き明かすため、データ化された世界で活躍する本作の主人公。
彼自身もデータである。
ドナルド
ディズニーキャッスルで王様に仕える王宮魔導士。
グーフィー
ディズニーキャッスルで王様に仕える、武器が嫌いな王宮騎士隊長。
王様
ディズニーキャッスルの王であり、この世界すべてを見守っている偉大な人物。
ジミニーメモの謎を調べる為に、データ化した世界のソラに様々な指示を出す。
ジミニー・クリケット
かつてソラの旅に同行し、記録係を務めていたコオロギの紳士。
チップ&デール
小さなリスの兄弟。
黒コートの人物
謎の男。前作KH2で壊滅したはずのXIII機関のコートを羽織り、ソラの行く先々に現れる。果たしてその目的、正体とは…