一般的なミサイルに対する防御は、対空ミサイルや、ヘリコプターなどの艦載機です。
まず、(地対空ミサイル)
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この画像で、左下に武器欄があります。その一番下のミサイルが、対空ミサイル(SAM)です。
この対空ミサイルは敵ミサイルが飛んできた際にちゃんとその方向にマウスカーソルをセットして発射すると敵ミサイルを撃墜してくれます。
撮影、香取氏
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敵が、対空ミサイルで香取氏が放った対艦ミサイルを迎撃しています。
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このように、対艦ミサイルが迎撃されます。
また、潜水艦は潜水艦の、デコイは敵の魚雷を欺いてくれます。
画像の左下の武器欄の一番下のものが、デコイになります。潜水艦によっては前後に2発あるタイプもありますが殆どは前2発です。
デコイを発射する射角もありますのでご注意ください。
参考動画
https://www.youtube.com/watch?v=bq4CkCSvYeY&t=73s
例
魚雷が、左舷側から来た場合。左に頭を向けてデコイを1発撃ちましょう。そうすると複数の魚雷を回避できます。
基本は、デコイを艦の外側に出すといいでしょう。
アスロックなどのロケット魚雷は潜水するのに時間があるので、先に行かせると回避できます。また、航空機の魚雷もそうです。