設定でMDを選択。 (megaCDプレイの際はBIOSファイル選択する必要が有り)
Controllerをクリックし設定。
mlの起動をクリックし、プレイしたいromを選択。
注意:スーパー32Xのrom(.32x)はmednafenでは起動できないので、違うEmulatorを使うしかない。 「Sega32XとSegaCDは現在サポートされていません」と公式に書かれています。