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添付4名中上位2名が準決勝に進出する。
Q=準決勝進出 ADV=救済措置で準決勝進出 DSQ=失格 OR=オリンピックレコード WR=ワールドレコード
Quarterfinal1 
| 着順 | 名前（英語表記） | 名前（日本語） | 国名 | 年齢 | タイム | |
| 1着 | Ahn Hyun-Soo | アン・ヒョンス | 韓国 | 20 | 42.213 | Q |
| 2着 | Satoru Terao | 寺尾 悟 | 日本 | 30 | 42.471 | Q |
| 3着 | Cees Juffermans | シース・ヤファーマンス | オランダ | 24 | 42.515 | |
| 4着 | Arian Nachbar | アリアン・ナシュバー | ドイツ | 29 | 42.605 |
Quarterfinal2
| 着順 | 名前（英語表記） | 名前（日本語） | 国名 | 年齢 | タイム | |
| 1着 | Li Jiajun | 李 佳軍 | 中国 | 30 | 43.105 | Q |
| 2着 | Nicola Rodigari | ニコラ・ロディガリ | イタリア | 24 | 43.701 | Q |
| 3着 | Peter Darazs | ピーター・ダラズ | ハンガリー | 20 | 1:01.289 | |
| 4着 | Lee Ho-Suk | イ・ホソク | 韓国 | 19 | 1:22.896 |
Quarterfinal3
| 着順 | 名前（英語表記） | 名前（日本語） | 国名 | 年齢 | タイム | |
| 1着 | Eric Bedard | エリック・ベダール | カナダ | 29 | 42.267 | Q |
| 2着 | Jon Eley | ジョン・イーリー | イギリス | 21 | 42.424 | Q |
| 3着 | Roberto Serra | ロベルト・セラ | イタリア | 23 | 42.773 | |
| - | Li Haonan | 李 蒿楠 | 中国 | 24 | DSQ |
Quarterfinal4
| 着順 | 名前（英語表記） | 名前（日本語） | 国名 | 年齢 | タイム | |
| 1着 | Apolo Anton Ohno | アポロ・アントン・オーノ | アメリカ | 23 | 42.020 | Q |
| 2着 | Francois-Louis Tremblay | フランソワ・ルイ・トランブレー | カナダ | 25 | 42.110 | Q |
| 3着 | Wim De Deyne | ウィム・デ・デイン | ベルギー | 28 | 42.979 | |
| - | Dariusz Kulesza | ダリウシュ・クレサ | ポーランド | 18 | DSQ |
