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2006年に発売されたWii・ゲームキューブ（以下GC）用ゲーム。
本作のGC版は日本国内では事実上最後のGC用ソフトとなった。
2016年3月10日にグラフィックをHD化した『ゼルダの伝説 トワイライトプリンセス HD』がWii U用ソフトとして発売された。
登場キャラクター 
- リンク
（声優：笹沼晃） - ゼルダ
（声優：水沢潤） - ミドナ
（声優：河本明子） - ザント
- ガノンドロフ
（声優：宮田浩徳）
トアル村の住民
- エポナ
- イリア
（声優：滝田樹里） - コリン
- タロ
- マロ
- ベス
- ボウ
- モイ
- ウーリ
- セーラ
- ハンジョー
- ジャガー
- キュリー
- ファド
フィローネの森にいる人・動物
- キコル
- サル
- ウーク
- トリル
カカリコ村の住民
- レナード
- ルダ
- バーンズ
ゴロン族
- ダルボス
- ドン・コローネ
- ドン・シーゲル
- ドン・エビーゾ
- ドン・レゲーヌ
- ダンゴロス
城下町の人々
- テルマ
- ルイーズ
- ラフエル
- アッシュ
- シャッド
- ジョバンニ
- ゲンゴロウ
- アゲハ
- ダンチョー
- セレブ店員
- 占い師
- 町医者
ゾーラ族またはゾーラの里の周辺の人々
- ラルス
- ルテラ
- キングゾーラ
- リズ
- ヘナ
- ピロロちゃん
ハイリア湖周辺の人々
- トビー
- ラッカ
- スモモ
スノーピークの住民
- ドサンコフ
- マトーニャ
天空都市の人々
- おばちゃん
- おばちゃんの息子
- 雑貨屋の店員
光の精霊
- ラトアーヌ
- フィローネ
- オルディン
- ラネール
その他の登場キャラクター
- 影の世界の民
- ポストマン
- インパル
- キングブルブリン
- 骸骨の戦士／金色の狼
- 妖精
- はちのこ
- ミミズ
敵
- ボコブリン
- ブルブリン
- デクババ
- ヘビババ
- デクレシア
- ババレシア
- カーゴロック
- キース
- グエー
- グース
- ポゥグース
- スタルチュラ
- スタルウォール
- ハジケラ
- タマケラ
- チュチュ
- チュチュケラ
- 爆弾虫
- マグポール
- タドポール
- テクタイト
- バリ
- シェルブレード
- 爆弾魚
- スカル魚
- スタルフォス
- スタルベビー
- スタルハウンド
- ポゥフィー
- ポゥ
- トーチスラグ
- ドドンゴ
- ビーモス
- モルドワーム
- 毒ムイ
- ギブド
- バブル
- ヒップループ
- デグヒップ
- リザルフォス
- ダイナフォス
- ホワイトウルフォス
- フリザド
- ミニフリザド
- フリザフォス
- ゴーマ
- アモス
- 影の使者
- 影の魔物
- 影の生物
- 影の怪鳥
- 影の蟲
- 影の巨大蟲
- ザントアイ
- スフィアマスター
中ボス
- ウーグ
- デグトード
- ゴベラの剣
- ハンマーナック
- タートナック
- ガーナイル
- ファントムザント
ボス
- 覚醒寄生種 ババラント
- 覚醒火炎獣 マグドフレイモス
- 覚醒多触類 オクタイール
- 蘇生古代獣 ハーラ・ジガント
- 覚醒大氷塊 フリザーニャ
- 覚醒甲殻眼 シェルドゴーマ
- 覚醒炎翼竜 ナルドブレア
関連作品
- 『ゼルダの伝説 時のオカリナ』
- 『ゼルダの伝説 ムジュラの仮面』
今作の主人公：リンクは、上記2作品の主人公であったリンクの子孫であるという設定が存在する。 - 『ゼルダの伝説 風のタクト』
今作と同じくGC用ソフトとして発売されたゼルダの伝説シリーズの作品（この作品も同様にHD版がWii U用ソフトとして発売されている）。本作との直接的なつながりは存在しないが、「風のタクト」の世界と今作の世界は事実上のパラレルワールドの関係にある設定になっている。
