ストーリー

惑星Pandora の月を舞台とした本作では、「Borderlands」で主人公達が探し当てた財宝を盗み、
それを資金として巨大軍事産業HYPERION の支配者になった「Handsome Jack」が物語のキーパーソン。
Handsome Jack は「Borderlands 2」で悪役として登場するが、いったい何が彼を悪に染めたのか。
1作めと2作めの間に起きた出来事が、本作で明らかになっていく。

プレイヤーは、Handsome Jack に雇われた傭兵として、彼の野望を成し遂げるための手助けをすることになる。
本作のストーリーは、1作めの主人公達に捕まってしまったAthena が、Handsome Jack の傭兵として過ごした日々を語る形で進行していく。
なぜAthena は捕まっているのか，肝心のHandsome Jack はどうなったのか。気になる人はゲーム本編で確かめてほしい。