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2002年11月21日に発売されたゲームボーイアドバンス用RPG『ポケットモンスター ルビー』、『ポケットモンスター サファイア』の総称。
この項目では、2004年9月16日に発売された別バージョン『ポケットモンスター エメラルド』に登場するキャラクターも含める。
※黒＝共通して登場
※緑＝エメラルド版のみ登場
主要キャラクター 
- 主人公／ユウキ
- 主人公／ハルカ
- オダマキ博士
- ミツル
ジムリーダー
- ツツジ
- トウキ
- テッセン
- アスナ
- センリ
- ナギ
- フウとラン
- ミクリ
- アダン
四天王＆チャンピオン
- カゲツ
- フヨウ
- プリム
- ゲンジ
- ダイゴ
- ミクリ（エメラルド版のみ）
フロンティアブレーン
- リラ
- ヒース
- ウコン
- コゴミ
- ダツラ
- アサミ
- ジンダイ
町の住民
- 主人公の母
- ハギ老人
- ツワブキ
- ツガ
- クスノキ艦長
- カラクリ大王
- カゼノ
- カチヌキファミリー
- ケンコーばあさん
- マユミ
- ソライシ博士
- ミチル
- きのみじいさん・ばあさん
- モナミ
- おくりび山の老夫婦
- キリ
- エニシダ
マグマ団・アクア団
- マツブサ
- ホムラ
- カガリ
- アオギリ
- ウシオ
- イズミ
今作から登場するポケモン
- キモリ
- ジュプトル
- ジュカイン
- アチャモ
- ワカシャモ
- バシャーモ
- ミズゴロウ
- ヌマクロー
- ラグラージ
- ポチエナ
- グラエナ
- ジグザグマ
- マッスグマ
- ケムッソ
- カラサリス
- アゲハント
- マユルド
- ドクケイル
- ハスボー
- ハスブレロ
- ルンパッパ
- タネボー
- コノハナ
- ダーテング
- スバメ
- オオスバメ
- キャモメ
- ペリッパー
- ラルトス
- キルリア
- サーナイト
- アメタマ
- アメモース
- キノココ
- キノガッサ
- ナマケロ
- ヤルキモノ
- ケッキング
- ツチニン
- テッカニン
- ヌケニン
- ゴニョニョ
- ドゴーム
- バクオング
- マクノシタ
- ハリテヤマ
- ルリリ
- ノズパス
- エネコ
- エネコロロ
- ヤミラミ
- クチート
- ココドラ
- コドラ
- ボスゴドラ
- アサナン
- チャーレム
- ラクライ
- ライボルト
- プラスル
- マイナン
- バルビート
- イルミーゼ
- ロゼリア
- ゴクリン
- マルノーム
- キバニア
- サメハダー
- ホエルコ
- ホエルオー
- ドンメル
- バクーダ
- コータス
- バネブー
- ブーピッグ
- パッチール
- ナックラー
- ビブラーバ
- フライゴン
- サボネア
- ノクタス
- チルット
- チルタリス
- ザングース
- ハブネーク
- ルナトーン
- ソルロック
- ドジョッチ
- ナマズン
- ヘイガニ
- シザリガー
- ヤジロン
- ネンドール
- リリーラ
- ユレイドル
- アノプス
- アーマルド
- ヒンバス
- ミロカロス
- ポワルン
- カクレオン
- カゲボウズ
- ジュペッタ
- ヨマワル
- サマヨール
- トロピウス
- チリーン
- アブソル
- ソーナノ
- ユキワラシ
- オニゴーリ
- タマザラシ
- トドグラー
- トドゼルガ
- パールル
- ハンテール
- サクラビス
- ジーランス
- ラブカス
- タツベイ
- コモルー
- ボーマンダ
- ダンバル
- メタング
- メタグロス
- レジロック
- レジアイス
- レジスチル
- ラティアス
- ラティオス
- カイオーガ
- グラードン
- レックウザ
- ジラーチ
- デオキシス
